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我正在使用来自 bioconductor 的 Gviz 库。我输入了一个制表符分隔的文件，其中包含我需要在我的染色体表意文字上绘制的 CNV 位置。

我的输入文件由 dat 定义，有 4 列

  • [1] 染色体
  • [2] 开始
  • [3] 结束
  • [4] 宽度（可以是“+”或“-”，取决于拷贝数的方向）

所以我这样做了：

library(IRanges)
libraray(Gviz)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/1ips_chr1.txt", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[2]
e <- dat[3]
l <- dat[4]

当我调用文件 dat 时，它显示一条错误消息：

atrack1 <- AnnotationTrack( start = s, width = l , chromosome = chr, genome = gen, name =  "Sample1")
Error : function (classes, fdef, mtable)  : unable to find an inherited method for function ".buildRange", for signature "NULL", "data.frame", "NULL", "data.frame"

显然我调用输入文件（在 dat 中）的方式不满足 R .. 请有人帮助我:)

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从包的参考手册Gviz（我不熟悉）中，参数start和函数width中的参数AnnotationTrack必须是整数向量。当您dat使用单个方括号进行子集化时[，生成的对象是 a data.frame（?`[.data.frame`有关此内容的更多信息，请参阅）。试试吧

s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

获得整数向量。

于 2012-06-15T06:06:36.790 回答