我正在尝试从用户给出的一组基因中获取丰富的 GO 术语列表。我理解和实施的方式是：
我的输入是一个包含大约 500 个基因的 csv 文件。
>library(topGO)
>library(hgu133plus2.db)
>all.genes <- ls(hgu133plus2ACCNUM) # I guess, this creates my gene universe
>data <- read.csv(file.choose(),header=FALSE) #Here I give an input csv file containing genes
>relevant.genes <- factor(as.integer(all.genes %in% data)
>names(relevant.genes) <- all.genes
>GOdata.BP <- new("topGOdata", ontology='BP', allGenes = relevant.genes, annotationFun =annFUN.db, affyLib = 'hgu133plus2.db')
在此之后我收到以下错误：
Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels
> str(relevant.genes)
Factor w/ 1 level "0": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
- attr(*, "names")= chr [1:54675] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
你能告诉我我哪里错了吗？我使用 TopGO 是否正确，即使我没有表达式值。