问题标签 [bedtools]

我想知道是否可以使用 perl 数组作为名为 bedtools 的程序的输入（ http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ ）

该数组本身是由 bedtools 通过 perl 中的反引号方法生成的。当我尝试在另一个 bedtools bash 命令中使用 perl 数组时，它抱怨参数列表太长，因为它似乎将数组中的每个单词或数字视为单独的参数。

示例代码：

效果很好，可以通过以下方式查看：

在屏幕上看起来像这样：

但是如果我再次尝试在bedtools中使用这个数组，例如

然后我收到此错误消息：

无论如何在bedtools中使用这个perl数组吗？

非常感谢

27/9/14 感谢您提供有关通过文件执行此操作的信息。但是，很抱歉很痛苦，如果可能的话，我真的很想在不写文件的情况下这样做。

我遇到了以下问题：我使用 MACS2 (2.1.0.20140616) 和以下简短命令行：

它似乎可以按我的意愿工作，但是当我通过 .bamfile 将 .bamfile 转换为 .bed 时

并在此使用 MACS2，我得到了更多的峰值。据我了解，.bed 文件应该包含与 .bam 文件相同的信息，所以这有点奇怪。

有什么建议有什么问题吗？

谢谢！

我有一个看起来像这样的床文件：

我的目标是只提取那些条目不与任何其他条目重叠的行。一段时间以来，我一直在尝试根据文档进行bedtools 合并。我想使用特定的标志来计算构成每个“合并”片段的条目，然后只保留值为“1”的条目，但问题来了：我不知道如何保留有关链的信息，分数（这应该始终为 0）和名称（这可能是从前 3 列重建的）。有谁知道如何把这些东西放在一起？

输出应该看起来与输入（上方）完全一样，但仅限于这些不与其他任何内容重叠的行。

这是我之前的问题的后续。这一次，如果床文件中的两个条目重叠，我想将其中一个保留在输出中（随机选择）。最好，我寻找对先前答案（bedtools 包）的修改。对于输入：

我希望得到如下输出：

我在外部硬盘驱动器中有 BAM 文件。想把它们变成 BED。我正在使用

它在目录中写入 BED 文件，但它们都是空的。我的 BEDtools 安装在

有人可以告诉我哪里出错了吗？问候。

使用 bedtools intersect 时，您可以使用许多选项，例如将最小重叠设置为文件 A 或 B 的百分比，或者是否写入原始 A 或 B 条目。我想知道R中是否有一个包可以做同样的事情

我会很感激你的回答

我想在下面的命令中输入一个变量来代替文件，这可能吗？

我想使用该程序生成一些 FASTA 文件bedtools getfasta。通常我会先使用下面的awktobedtools sort命令来订购输入文件。然后将输出通过管道传输到输出文件中。然后这个输出文件将跟随-bed标志，bedtools getfasta这样我就可以创建我需要的 FASTA 文件，例如

但是，我有很多我想使用的文件bedtools getfasta。awk我希望通过将初始命令的输出设置为变量来避免创建额外的 OrderedFile.bed 文件bedtools sort（见下文）

这很好用：

当我在bedtools getfasta命令中使用变量时，不会生成任何输出。有没有办法像文件一样读取变量？我尝试了以下方法，但仍然无法正常工作：

1. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed "${swapped}" -fo Outfile.fasta
2. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed <(echo "${swapped}") -fo Outfile.fasta
3. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed <(<<< "${swapped}") -fo Outfile.fasta

基本上，我可以使用变量代替文件作为命令的参数吗？

我希望这是有道理的

谢谢，

杰米

我感觉很愚蠢，但我无法弄清楚下面的语法，而且我已经在谷歌上搜索了一段时间没有成功。

很容易，我想在脚本中使用 pybedtools 将其转换为 bedpe。

以下效果很好：

但是，当然，它会导致正常的床文件。如果我尝试添加 bedpe 参数，pybed_BAM.bam_to_bed("-bedpe")或者pybed_BAM.bam_to_bed("bedpe")它失败：

不幸的是，bam_to_bed() 页面没有提供语法解释，而只是命令行工具帮助的复制粘贴。上述尝试是试图从其他 pybedtools 函数中借用语法，但显然是不正确的。我错过了什么？

PS该文件很好，因为使用bedtools bamtobed从命令行转换可以正常工作。

PPS 我想避免子进程管道并使用 pybedtools

在使用了 -excl 设置的 bedtools 后，我注意到排除文件具有数字命名约定，而我的输入文件具有“chr”命名约定。有人知道这是否会导致任何问题？我已经生成了许多洗牌文件，没有任何错误或警告，一切似乎都很好，所以我想知道在我最终需要重做所有事情之前是否有人知道这一点？

我想pybedtools在我正在编译成可执行文件的 python 程序中使用pyinstaller. 目的是该可执行文件将包含运行程序所需的所有文件，包括BEDtools作为二进制文件发送。但是，当我尝试使用下面的代码运行 pybedtools 时，我得到一个 NotImplementedError，这意味着 pybedtools 不适用于这种方法。是否可以运行 pybedtools 包装这样的二进制文件？是set_bedtools_path不是适合这个问题的工具？

示例代码：