我感觉很愚蠢，但我无法弄清楚下面的语法，而且我已经在谷歌上搜索了一段时间没有成功。
很容易，我想在脚本中使用 pybedtools 将其转换为 bedpe。
以下效果很好：
pybed_BAM = pybedtools.BedTool("path/to/sorted/bam")
bedpe = pybed_BAM.bam_to_bed().to_dataframe()
但是，当然，它会导致正常的床文件。如果我尝试添加 bedpe 参数，pybed_BAM.bam_to_bed("-bedpe")或者pybed_BAM.bam_to_bed("bedpe")它失败：
TypeError: handle_kwargs() keywords must be strings
不幸的是，bam_to_bed() 页面没有提供语法解释，而只是命令行工具帮助的复制粘贴。上述尝试是试图从其他 pybedtools 函数中借用语法，但显然是不正确的。我错过了什么？
PS该文件很好，因为使用bedtools bamtobed从命令行转换可以正常工作。
PPS 我想避免子进程管道并使用 pybedtools