问题标签 [bedtools]

我正在寻找根据床坐标和 vcf 位置之间的相交向 vcf 文件添加一个新的“GENE_ID”列。'GENE_ID' 已经作为床文件中的第 4 列出现。基本上我需要知道如何将床文件中的基因名称列（GENE_ID）保存到新的vcf文件中！

此外，我想知道如何在一次运行中从多个 vcf 和 bed 文件中获取结果。

让我们假设床文件如下：

以及 vcf 文件的前三列：

所需的输出：

我会很感激任何建议！

我是 bash 编程的新手，从来没有成功在我的计算机上安装工具。

我正在尝试安装床具但没有任何成功

我在终端上输入了以下命令

这些步骤似乎一切都很好，然后为了将它添加到我的路径中，我输入了：

但是当我测试一些基本命令时，例如 bedtools -h 它说没有找到 bedtools 命令。

我觉得 echo 步骤或我的 bash_profil 有问题。我试图按照我在互联网上阅读的说明进行操作，但我觉得我可能会犯一些错误。

有人可以帮助我吗？我不明白出了什么问题以及如何解决它！