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我是 bash 编程的新手，从来没有成功在我的计算机上安装工具。

我正在尝试安装床具但没有任何成功

我在终端上输入了以下命令

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz
cd bedtools2
make

这些步骤似乎一切都很好，然后为了将它添加到我的路径中，我输入了：

echo 'export PATH="$PATH:/Users/avitrac/my_bin/bedtools2"' >> ~/.bash_profile

但是当我测试一些基本命令时，例如 bedtools -h 它说没有找到 bedtools 命令。

我觉得 echo 步骤或我的 bash_profil 有问题。我试图按照我在互联网上阅读的说明进行操作，但我觉得我可能会犯一些错误。

有人可以帮助我吗？我不明白出了什么问题以及如何解决它！

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看起来您不小心在您的my_bin目录下下载并编译了该程序。这会造成一些混乱，因此我建议从临时目录（例如主目录下的目录）运行wgetand命令。结果，编译的二进制文件现在位于. 我建议将该目录移到您的目录之外，也许是一个目录；然后，您可以直接跳到下面的第 5 步。make/tmptmp/Users/avitrac/my_bin/bedtools2/binmy_bin~/tmp

（你可以简单地将它留在那里cp /Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin/bedtools ~/my_bin，但这会无缘无故地将源代码和编译工件留在你的 bin 目录下）。

  1. mkdir ~/tmp＃＃ 如果需要的话
  2. cd ~/tmp
  3. wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
  4. make
  5. cp bin/bedtools ~/my_bin/

现在可以删除bedtools-2.29.1.tar.gz文件和目录。bedtools2“通过 Github 从源代码编译”指令掩盖了这个（相当典型的）用例，并省略了在临时位置构建程序的显式指令。

于 2022-03-05T16:14:12.357 回答