我遇到了以下问题：我使用 MACS2 (2.1.0.20140616) 和以下简短命令行：
macs2 callpeak -t file.bam -f bam -g 650000000 -n Test -B --nomodel -q 0.01
它似乎可以按我的意愿工作，但是当我通过 .bamfile 将 .bamfile 转换为 .bed 时
bedtools bamtobed -i file.bam > file.bed
并在此使用 MACS2，我得到了更多的峰值。据我了解，.bed 文件应该包含与 .bam 文件相同的信息，所以这有点奇怪。
有什么建议有什么问题吗？
谢谢！