问题标签 [bed]

你知道有什么方法可以轻松地将 BED 文件转换为 WIG（通过 R 或其他程序）吗？

你能给我一些指导吗？

我有一个 .fam、.bed 和 .bim 文件，其中包含少数人的标记。我需要将其转换为 VCF 文件。

有人可以帮助创建一个 VCF 文件。有没有可以做到这一点的开源工具？

我可以知道如何从 fasta 文件中提取 dna 序列吗？我尝试了床具和 samtools。Bedtools getfasta 做得很好，但是对于我的一些文件返回“警告：在 fasta 文件中找不到染色体”，但事实是 bed 文件中的染色体名称和 fasta 完全相同。我正在寻找 python 可以为我完成这项任务的其他替代方案。

Bed file:
chr1:117223140-117223856 3 7
chr1:117223140-117223856 5 9

Fasta file:
>chr1:117223140-117223856
CGCGTGGGCTAGGGGCTAGCCCC

Desired output:
>chr1:117223140-117223856
CGTGG
>chr1:117223140-117223856
TGGGC

我遇到了以下问题：我使用 MACS2 (2.1.0.20140616) 和以下简短命令行：

它似乎可以按我的意愿工作，但是当我通过 .bamfile 将 .bamfile 转换为 .bed 时

并在此使用 MACS2，我得到了更多的峰值。据我了解，.bed 文件应该包含与 .bam 文件相同的信息，所以这有点奇怪。

有什么建议有什么问题吗？

谢谢！

我想处理多个床文件以查找重叠区域。我将我的数据集读取为数据框，如何有效地并行扫描两个数据集以检测重叠区域发生在哪里。我的方法是每次我将数据框对象的每个单元格的峰值区域作为查询，在间隔树中获取另一个数据帧的所有行的峰值区域，然后搜索重叠区域。我很困惑如何在 R 中实现这一点。请帮助处理生物信息学中的床格式文件。如果有人指出我如何做到这一点，我将不胜感激......

这是我想要实现的简单示例：

我正在尝试执行一个非常简单的操作，但我还没有弄清楚。我正在尝试获取我在 R 中导入的特定 BED 文件中所有间隔的平均间隔长度。此 BED 文件不包含重叠间隔。这是文件的样子：

任何操作都适用于该ranges列

我有一个看起来像这样的床文件：

我的目标是只提取那些条目不与任何其他条目重叠的行。一段时间以来，我一直在尝试根据文档进行bedtools 合并。我想使用特定的标志来计算构成每个“合并”片段的条目，然后只保留值为“1”的条目，但问题来了：我不知道如何保留有关链的信息，分数（这应该始终为 0）和名称（这可能是从前 3 列重建的）。有谁知道如何把这些东西放在一起？

输出应该看起来与输入（上方）完全一样，但仅限于这些不与其他任何内容重叠的行。

这是我之前的问题的后续。这一次，如果床文件中的两个条目重叠，我想将其中一个保留在输出中（随机选择）。最好，我寻找对先前答案（bedtools 包）的修改。对于输入：

我希望得到如下输出：

对于生物信息学项目，我想将 .BED 文件读入 pandas 数据框，但不知道我该怎么做以及需要哪些工具/程序。我在互联网上找到的任何东西都不适用于我，因为我正在使用 Python 3.7（Anaconda 发行版）在 windows10 上工作。

任何帮助，将不胜感激。