arrays - 使用 perl 数组作为 bash bedtools 命令的输入

Question

我想知道是否可以使用 perl 数组作为名为 bedtools 的程序的输入（ http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ ）

该数组本身是由 bedtools 通过 perl 中的反引号方法生成的。当我尝试在另一个 bedtools bash 命令中使用 perl 数组时，它抱怨参数列表太长，因为它似乎将数组中的每个单词或数字视为单独的参数。

示例代码：

my @constit_super  = `bedtools intersect -wa -a $enhancers -b $super_enhancer`;

效果很好，可以通过以下方式查看：

print @constit_super

在屏幕上看起来像这样：

chr10   73629894    73634938
chr10   73636240    73639574
chr10   73639726    73657218

但是如果我再次尝试在bedtools中使用这个数组，例如

my $bedtools = `bedtools merge -i @constit_super`;

然后我收到此错误消息：

Can't exec "/bin/sh": Argument list too long

无论如何在bedtools中使用这个perl数组吗？

非常感谢

27/9/14 感谢您提供有关通过文件执行此操作的信息。但是，很抱歉很痛苦，如果可能的话，我真的很想在不写文件的情况下这样做。

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我没有对此进行测试，但我认为它会起作用。

bedtools期待一个带有-i标志的参数，即.bed文件名。这是在文档中。您需要将数组写入文件，然后将其输入到bedtools merge命令中。

open(my $fh, '>', "input.bed") or die $!;
print $fh join("", @constit_super);
close $fh;

然后您可以使用文档中的以下命令对其进行排序：

`sort -k1,1 -k2,2n input.bed > input.sorted.bed`;

最后，您可以运行合并命令。

my $bedtools = `bedtools merge -i input.sorted.bed`;

希望这能让您走上正确的道路。

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