r - 是否有类似于 bedtools intersect 的 R 函数？

Question

使用 bedtools intersect 时，您可以使用许多选项，例如将最小重叠设置为文件 A 或 B 的百分比，或者是否写入原始 A 或 B 条目。我想知道R中是否有一个包可以做同样的事情

我会很感激你的回答

Answer 1

有一个 'valr' 包，它允许你在 R 中执行一些基本的 bedtools 命令。

https://rnabioco.github.io/valr/

但不幸的是，我认为它还不支持 bedtools 的百分比重叠 -f 选项

你可以自己编码：

library(tidyverse)
library(valr)
A <- tibble(chrom='chr1', start=100, end=900)
B <- tibble(chrom='chr1', start=700, end=1000) %>% 
       dplyr::mutate(width=end-start)
bed_intersect(A,B) %>% 
       dplyr::mutate(percent_overlap = .overlap / width.y) %>%
       dplyr::filter(percent_overlap >= 0.5