shell - 将多个 BAM 文件转换为 BED 文件

Question

我在外部硬盘驱动器中有 BAM 文件。想把它们变成 BED。我正在使用

cd /media/amit/LaCie/mdc_work/chigozie/pool1/bam
for x in *.bam ; do
    echo "print current:$x";
    bedtools bamToBed -i "$x" > "${x%.bam}.bed";
done
echo "done"

它在目录中写入 BED 文件，但它们都是空的。我的 BEDtools 安装在

/home/amit/miniconda3/bin/bedtools

有人可以告诉我哪里出错了吗？问候。

Answer 1

空bed文件可能是由bam没有读取的文件引起的。由于bam标头，文件仍可能具有非零文件大小。bam使用以下方法查找文件中的读取次数samtools：

samtools view -c input.bam

或sambamba：

sambamba view -c input.bam

bam这应该将文件中的读取次数输出到 STDIN 。这两个都可以使用 安装conda，例如：

conda create -n my_env_name samtools sambamba