问题标签 [allen-sdk]

我正在尝试遵循Mouse Connectivity sdk并让他们的两个示例正常工作。

pd返回无或所有投影信号密度实验。为什么会这样？

结果：

但问题是，它experiments确实收到了一个值，所以看来 MouseConnectivityApi 和 nrrd（我根据以下帖子安装）工作正常。

看这里：

对，现在是第二个例子

这是从艾伦逐字复制的，但这是我得到的错误消息：

为什么会发生这种情况？

和以前一样（我假设不需要另一张图片），experiments变量确实收到了每个实验的值。

我正在尝试以大脑天文台 ipython notebook为例。

但是，我在加载nwb文件时遇到了问题，如下所示。

所以，我用HDFviewnwb打开了文件。

所有的大脑观测站nwb文件都没有打开，除了502376461.nwb.

它抛出了以下错误：

当我尝试502376461.nwb从艾伦打开 ipython 笔记本示例时，它起作用了！但是其他人（501940850，503820068...）像上面一样失败了。

我已经下载了艾伦神经元模型：Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496

安装了 Anaconda 和所有必需的包，有 NEURON： https ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

现在我如何使用 allensdk 包通过 NEURON 运行他们的模型，

他们有一种解释： http ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但我到底在哪里写这段代码？Python？蟒蛇提示？蜘蛛？

不是 python 不是 Anaconda 按原样接受代码，所以我想我需要先访问 allensdk 包，我该怎么做？

谢谢你。

我正在使用 Allen Brain Observatory 的笔记本：http ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/_static/examples/nb/brain_observatory.html

当我运行单元格 16 和 17 时，运行单元格 17 后出现此错误：

AttributeError：“DataFrame”对象没有属性“orientation”

这是两个单元格的代码：

Traceback 中指向的行是：

任何帮助表示赞赏。我想使用“allensdk”标签，但我没有 1500 声望。

我正在使用 static_gratings 刺激分析来自实验的数据。SDK 文档说 get_stimulus_template 函数可以将查询实验中使用的任何刺激作为参数。我在实验中调用了 list_stimuli() 以确认 static_gratings 是使用过的刺激。

当我运行 get_stimulus_template('static_gratings') 时，我得到这个回溯/错误：

对此的任何帮助表示赞赏。

我相信我正在正确下载 NWB 文件，因为我能够毫无问题地获得 df/F 轨迹和刺激信息。但是，当我尝试调用“get_running_speed”时收到错误消息：

AttributeError：“BrainObservatoryNwbDataSet”对象没有属性“get_flourescence_timeStamps”

当我调用“get_fourescence_timeStamps”函数时，我也会收到同样的错误。我已经更新了 allen sdk 包，所以我应该使用最新版本的软件。

这是其他人可以复制的问题吗？

I am running the first lines of the cell types notebook:

And I get this error:

我想查看已经安装在数据库中的 GLIF 模型参数的许多单元格的一些统计数据。

从教程 [1] 中，我了解了如何使用 GlifApi().get_neuronal_models_by_id(neuron_model_id) 获取单个模型的拟合参数。但是如何获得神经元模型 ID 的相关列表？

我已经找到了如何获取单元格列表。因此，获取适合特定单元格的模型列表也很重要。

[1] http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/glif_models.html

On the "A Cellular Taxonomy of the Mouse Visual Cortex" page, "Explore the Data" section, the top row shows the list of cluster names of mouse visual cortex cells:

Question: Given a mouse visual cortex cell's specimen ID (e.g. 505808144), how do I find the cluster name to which that cell belongs?

I am able to get cell metadata via AllenSDK get_cell(id) method, but the returned metadata does not seem to contain the name of the cluster.

在 allensdk 0.14.5 版本之前，该CellTypesCache.get_cells()函数返回一个大的嵌套结构，其中包含有关细胞形态、ephys 特征、位置、解剖结构、组织供体等的信息。在 0.14.5 版本中，返回的结构是扁平的并且小得多。

我看到其中一些信息可通过get_ephys_features()和获得get_morphology_features()，但我不确定在哪里可以找到其余信息。我在哪里可以找到如何将我的代码迁移到新的 allensdk 版本？