allen-sdk - 在哪里可以找到以前由 allensdk.CellTypesCache.get_cells() 返回的数据

Question

在 allensdk 0.14.5 版本之前，该CellTypesCache.get_cells()函数返回一个大的嵌套结构，其中包含有关细胞形态、ephys 特征、位置、解剖结构、组织供体等的信息。在 0.14.5 版本中，返回的结构是扁平的并且小得多。

我看到其中一些信息可通过get_ephys_features()和获得get_morphology_features()，但我不确定在哪里可以找到其余信息。我在哪里可以找到如何将我的代码迁移到新的 allensdk 版本？

Answer 1

好问题。CellTypesCache.get_cells我们出于以下几个原因简化了返回的字典：

1. 有大量不同的字段：无法解释、无用、分散注意力和/或与其他函数返回的数据冗余。
2. 处理大脑结构的方式使得跨物种通过皮质层过滤细胞变得非常困难。
3. 该查询涉及大量连接并且速度相当慢。

(2) 可能是我们需要解决的最紧迫的问题。这里更详细地解释了新的字典结构：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/wiki/Release-Notes-(0.14.5)

你是对的，你应该寻找ephys。CellTypesCache.get_ephys_features和来自和CellTypesCache.get_morphology_features（或只是CellTypesCache.get_all_features） 的形态特征。

如果您在旧字典结构中使用的任何字段现在在当前字典中不可用，请告诉我，我们可以再次找到它们。