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我正在尝试以大脑天文台 ipython notebook为例。

但是,我在加载nwb文件时遇到了问题,如下所示。

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

所以,我用HDFviewnwb打开了文件。

所有的大脑观测站nwb文件都没有打开,除了502376461.nwb.

它抛出了以下错误:

IOError: Unable to open file (Truncated file: eof = 82280448, sblock->base_addr = 0, stored_eoa = 204046519) 

当我尝试502376461.nwb从艾伦打开 ipython 笔记本示例时,它起作用了!但是其他人(501940850503820068...)像上面一样失败了。

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总结来自github的线程:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

这些文件被部分下载或以某种方式损坏。下载过程中没有报告异常,所以 urllib 一定没有发现问题。

AllenSDK 开发人员正在研究某种文件一致性检查和/或不同的 HTTP 库。

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

如果其他人遇到这种情况,您可以删除坏文件并重新运行下载功能(BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data)。文件被下载到 BrainObservatoryCache清单文件的子目录中,如果未指定,则默认为当前工作目录。

于 2016-09-06T21:20:50.527 回答