问题标签 [neuron-simulator]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python - 列出神经元部分属性/信息的简单方法?
在 NEURON 模拟器中,除了单独迭代每个属性之外,是否有更简单的方法来列出部分的属性?
neuroscience - jNeuroML 中的模拟完成/完成事件?
是否有一些事件机制可以让我知道模拟是否完成?
我有一个在 NEURON 中模拟的 LEMS 文件:
jnml LEMS_file.xml -neuron -run
模拟完成后,GUI 保持打开状态。
debugging - 调试 NEURON MOD 文件?
调试 NEURON 模拟器 .MOD 文件有哪些有用的方法?在其他语言中,通常可以使用 print() 语句来查看变量值。.MOD 文件中是否有类似 print() 语句的内容?
neural-network - 在 NEURON .MOD 文件中,各部分的操作顺序是什么?
NEURON .MOD/NMODL 文件部分中的命令按什么顺序执行?具体来说,在这些块中:DERIVATIVE、BREAKPOINT 和 NET_RECEIVE。
neuroscience - jNeuroML 将 LEMS 命令放在生成的 NEURON .MOD/NMODL 的什么位置?
LEMS 中的以下标签如何映射到 NEURON .MOD/NMODL 文件中:
python - 艾伦脑研究所 - 大脑观测站示例
我正在尝试以大脑天文台 ipython notebook为例。
但是,我在加载nwb
文件时遇到了问题,如下所示。
所以,我用HDFviewnwb
打开了文件。
所有的大脑观测站nwb
文件都没有打开,除了502376461.nwb
.
它抛出了以下错误:
当我尝试502376461.nwb
从艾伦打开 ipython 笔记本示例时,它起作用了!但是其他人(501940850
,503820068
...)像上面一样失败了。
python - Anaconda allensdk 神经元模型
我已经下载了艾伦神经元模型:Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496
安装了 Anaconda 和所有必需的包,有 NEURON: https ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html
现在我如何使用 allensdk 包通过 NEURON 运行他们的模型,
他们有一种解释: http ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html
但我到底在哪里写这段代码?Python?蟒蛇提示?蜘蛛?
不是 python 不是 Anaconda 按原样接受代码,所以我想我需要先访问 allensdk 包,我该怎么做?
谢谢你。
python - Storing output from Python function necessary despite not using output
I am trying to understand why I must store the output of a Python function (regardless of the name of the variable I use, and regardless of whether I subsequently use that variable). I think this is more general to Python and not specifically to the software NEURON, thus I put it here on Stackoverflow.
The line of interest is here:
If I just write attach_current_clamp(cell)
, without storing the output of the function into a variable, the code does not work (plot is empty), and yet I don't use clamp_output
at all. Why cannot I not just call the function? Why must I use a variable to store the output even without using the output?