问题标签 [neuron-simulator]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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neuroscience - 运行 nrniv 时显示 GUI?

使用 nrniv 命令运行 NEURON 模拟器时如何打开 GUI?

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python - NEURON python Graph() 为空白

当为 NEURON 使用 python 接口时,当我g=h.Graph()在 python 中创建一个对象并g.addvar(...)绘制一个变量时,单击 Init & Run 会产生一个空图:

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python - 列出神经元部分属性/信息的简单方法?

在 NEURON 模拟器中,除了单独迭代每个属性之外,是否有更简单的方法来列出部分的属性?

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neuroscience - jNeuroML 中的模拟完成/完成事件?

是否有一些事件机制可以让我知道模拟是否完成?

我有一个在 NEURON 中模拟的 LEMS 文件:

jnml LEMS_file.xml -neuron -run

模拟完成后,GUI 保持打开状态。

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debugging - 调试 NEURON MOD 文件?

调试 NEURON 模拟器 .MOD 文件有哪些有用的方法?在其他语言中,通常可以使用 print() 语句来查看变量值。.MOD 文件中是否有类似 print() 语句的内容?

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neural-network - 在 NEURON .MOD 文件中,各部分的操作顺序是什么?

NEURON .MOD/NMODL 文件部分中的命令按什么顺序执行?具体来说,在这些块中:DERIVATIVE、BREAKPOINT 和 NET_RECEIVE。

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neuroscience - jNeuroML 将 LEMS 命令放在生成的 NEURON .MOD/NMODL 的什么位置?

LEMS 中的以下标签如何映射到 NEURON .MOD/NMODL 文件中:

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python - 艾伦脑研究所 - 大脑观测站示例

我正在尝试以大脑天文台 ipython notebook为例。

但是,我在加载nwb文件时遇到了问题,如下所示。

所以,我用HDFviewnwb打开了文件。

所有的大脑观测站nwb文件都没有打开,除了502376461.nwb.

它抛出了以下错误:

当我尝试502376461.nwb从艾伦打开 ipython 笔记本示例时,它起作用了!但是其他人(501940850503820068...)像上面一样失败了。

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python - Anaconda allensdk 神经元模型

我已经下载了艾伦神经元模型:Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496

安装了 Anaconda 和所有必需的包,有 NEURON: https ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

现在我如何使用 allensdk 包通过 NEURON 运行他们的模型,

他们有一种解释: http ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但我到底在哪里写这段代码?Python?蟒蛇提示?蜘蛛?

不是 python 不是 Anaconda 按原样接受代码,所以我想我需要先访问 allensdk 包,我该怎么做?

谢谢你。

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python - Storing output from Python function necessary despite not using output

I am trying to understand why I must store the output of a Python function (regardless of the name of the variable I use, and regardless of whether I subsequently use that variable). I think this is more general to Python and not specifically to the software NEURON, thus I put it here on Stackoverflow.

The line of interest is here:

If I just write attach_current_clamp(cell), without storing the output of the function into a variable, the code does not work (plot is empty), and yet I don't use clamp_output at all. Why cannot I not just call the function? Why must I use a variable to store the output even without using the output?