问题标签 [neuron-simulator]

When trying to install NEURON with Python support (eg. can run python -c "import neuron"), using instructions from the Human Brain Project portal website. After:

brew install neuron

I get the following (misleading) error:

Error: A newer Command Line Tools release is available. Update them from Software Update in the App Store.

However, the App Store does not list "Command Line Tools". How do I update the "Command Line Tools"?

This led me to a rabbit hole of Google searches. I post my findings below, to help others in my situation to save some time.

如何更改 mod 文件中的单位以便在运行后neuoConstract保存单位？

我尝试使用 Notepad++ 进行更改，但更改无法保存以备下次使用。

我已经启动并运行了 Visual Studio Community 2019。我正在尝试将 Python 与 NEURON(7.2.536.15) 包一起使用。我的 Python 3.7（64 位）环境中有神经元包。如何将神经元模拟器加载到我的 Python 应用程序中？

命令：导入神经元生成：没有名为“神经元”的模块导入神经元生成：没有名为“神经元”的模块

如何将神经元模拟器加载到 VS Python 中

我一直在构建一个奇点容器来运行一些 python 代码，尽管阅读了奇点文档，但我无法理解错误/行为。

首先，容器是从 docker 引导的 Ubuntu18.04，即：

我需要使用一个 python 模块（神经元），它需要事先编译等。%post我在定义文件部分编译代码并添加环境变量：

我可以构建容器而没有太多问题（使用sudo singularity build --sandbox）。但是我一直在尝试运行一个测试脚本（test.py）以确保一切都按预期工作。在脚本中，我导入有问题的模块（神经元），然后尝试将列表保存到 csv 以确保可以正确保存数据。所以它看起来像这样：

根据我在使用时提供的标志，singularity exec我会得到不同的结果，我不明白（或知道从哪里开始理解——这是神经元、奇点还是ubuntu问题？）。

为了完整起见，容器（和 test.py）位于我从中运行这些命令的同一目录中（在我的示例中为 dir）。因此，如果我挂载 $HOME，则不使用该--no-home标志并尝试像这样运行 test.py： singularity exec --writable --bind /home/bidby/path/to/some/dir:/mnt my_container.simg python3 /mnt/test.py

我得到一个像这样的错误：dlopen failed - x86_64/.libs/libnrnmech.so: undefined symbol: celsius我已经尝试过用谷歌搜索，可能是一个 c++ 链接错误（但我只知道 python，所以调试它并不容易）。

但是，如果我使用--no-home标志，即： singularity exec --no-home --writable --bind /home/bidby/path/to/some/dir:/mnt my_container.simg python3 /mnt/test.py

然后模块成功导入并出现新错误：

我已经连续几天在谷歌上搜索这个，但我无法弄清楚问题是什么。根据我所学和测试的内容，我认为这可能与环境变量如何传递到容器中有关，尽管我无权在此处保存的原因超出了我的范围。但我觉得如果我能理解为什么使用--no-home标志会影响模块导入，这可能会得到解决。

这可能无助于解决问题，但我注意到/尝试过的其他事情：

如果我使用该--containall标志，我可以毫无问题地运行 test.py，但是我尝试保存的 csv 文件永远找不到。我检查了文档说：

使用 --containall（或简称 -C）标志，$HOME 不会被挂载，并且会在 $HOME 点创建一个虚拟绑定挂载。您不能使用 -B`（或 --bind）来绑定您的 $HOME 目录，因为它会创建一个空挂载。因此，如果您的文件位于 /home/user 的映像中， --containall 标志会将它们全部隐藏。

我认为这个“虚拟绑定安装”是文件被写入的位置，因此我永远无法真正找到它。

如果我壳到容器中，带有sudo和--writable标志，我可以毫无问题地导入神经元。如果我不使用这些标志中的任何一个，那么我会从上面得到相同的“未定义符号”错误。

如果我不导出 LD_LIBRARY_PATH，那么我会得到一个不同的 dlopen 错误，它指的是不同的 .so 文件，说该文件不存在 - 这再次证实了我的想法，即这是一个路径问题。

我知道我没有包含足够的代码来重现这个错误，因为我猜没有人有时间/精力来构建这个容器（因为它相当大），但我认为我已经包含了最相关的部分。如果需要，我们很乐意添加更多内容。

调试这对我来说是一场噩梦，如果有人能指出我应该在谷歌上搜索的正确方向，我将不胜感激。

因此，我正在尝试调试在我可以访问的 HPC 设置中遇到的错误。我不会详细介绍该错误，因为它是特定于包的，我很确定这是一个环境变量类型的问题。那就是说这个包是神经元的，如果有人有它和奇点的经验，我会很感激你的意见。

当我使用以下方法在本地测试所有内容时：

没有问题。但是，相同的命令在 HPC 集群上遇到了错误。我开始尝试在本地重新创建错误以查看问题所在。

由于我仍然不知道的原因，我在集群上遇到的错误可以通过在命令中添加--containall标志来在本地重现。exec事实上，即使是--contain标志也可以重现错误。我可以从文档中看到--contain：

使用最少的 /dev 并清空其他目录（例如 /tmp 和 $HOME），而不是从您的主机共享文件系统

这让我猜测它是一个路径/环境问题，但我不能 100% 确定，因为我对所有不是 python 的东西仍然很陌生。

为了尝试解决问题，我尝试使用singularity shell重新创建错误。这就是我希望有人可以为我阐明问题的地方。如果我这样做：

脚本运行良好，我没有收到任何错误。但是，当我运行时：

我得到了与集群上相同的错误。

这两种方法有什么不同？为什么对容器进行炮击会起作用，并且像这样执行它不起作用？我只是在寻求帮助来解决这个问题。

此外，为什么这些脚本可能在本地运行而不是在 HPC 上运行？我对容器的理解是它们应该允许脚本在不同的系统上运行，因为一切都很好，包含在容器中。在这些阻止我运行代码的不同场景中，我允许通过什么？

我的直觉（不是完全有经验的）告诉我，当我在外壳中（或当我在本地运行脚本时）时，我正在执行一些环境变量，当我以其他方式运行它时我会丢失，但是我不知道从哪里开始寻找这样的东西，或者如何将它保存在容器中。

编辑：

我也只是尝试在 HPC 中对容器进行炮击，但我得到了同样的错误。因此，当我进入 shell 或执行不带--contain标志的脚本时，我的本地计算机上有一些东西正在使用

版本：

• 奇点3.5
• 蟒蛇 3.6.9
• 神经元 8.0

我寻找正在卸载的 NEURON 模拟器，我发现这篇文章建议删除/usr/local/nrn. 然后我重复安装 7.7 版本的相同过程，但问题是我还有以前的版本。我部分按照本教程在 Ubuntu 上安装该软件包。我使用 PIP 而不是 anaconda 来安装 python 包。

你有什么主意吗？

我的操作系统是 Ubuntu 18.04。

我正在使用神经元，一个操作系统上的模拟软件。但是，当我打开 nrngui 时，我看到以下错误。

这是什么意思？我怎样才能解决这个问题 ？

这是我第一次来这里，希望你能帮助我。

我试图解释这种特殊情况。

使用的文件是启动神经元模拟的基础，它们用于 Python 2。使用 Atom 的插件，我手动修复了任何缩进错误和细节。

但是对于这个错误，我找不到解决方案。

从文件浦肯野

“listgmax”是此代码中的唯一术语。我不明白问题出在哪里。

如果我删除它，问题会在下一行继续，并出现与 Sintax 相同的错误。

你能帮助我吗？

非常感谢您的时间。

希望我很清楚。

我正在尝试通过 python 运行 NEURON 模拟。我按顺序获得了所有库，并且能够运行一些简单的模拟，但是在使用更复杂的代码时遇到了一些麻烦。如果您知道如何提供帮助，我将不胜感激

问题1：

.hoc即使已编译，Neuron 也不会打开文件的一部分。我得到错误：

问题2：

模拟器无法识别我尝试使用的机制。在这里我有点迷茫，不知道进一步描述，但这是错误消息：

问题3：

不识别为模板：

如何使用其 Python 接口在 NEURON 模拟器中创建突触？我想创建 2 个部分并将它们与突触连接，但在SectionAPI 或部分文档中没有任何功能：