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我已经下载了艾伦神经元模型：Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496

安装了 Anaconda 和所有必需的包，有 NEURON： https ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

现在我如何使用 allensdk 包通过 NEURON 运行他们的模型，

他们有一种解释： http ://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但我到底在哪里写这段代码？Python？蟒蛇提示？蜘蛛？

不是 python 不是 Anaconda 按原样接受代码，所以我想我需要先访问 allensdk 包，我该怎么做？

谢谢你。

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谢谢你的问题。您的文档链接中的第一个示例显示了如何下载模型，您可能已经这样做了。我通过编写一个 python 脚本并从命令提示符运行它来做到这一点。

脚本如下所示：

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file
neuronal_model_id = 473862496    # here's your model
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model')

您可以从命令提示符（Anaconda 命令提示符很好）运行它，如下所示：

$ python <your_script_name.py>

向下移动文档，运行模型的下一步是在命令提示符下运行以下命令：

$ cd neuronal_model
$ nrnivmodl ./modfiles   # compile the model (only needs to be done once)
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json

首先，您进入您在第一个脚本中指定的工作目录。

接下来你运行一个 NEURON 二进制文件 (nrnivmodl)，它编译你的 modfiles。您需要在 PATH 上安装带有 python 绑定的 NEURON 才能运行它。我不确定这一点，但我认为在 Windows 中编译 modfile 需要不同的命令/工作流程。如果那是您的操作系统，我将不得不在这里推荐您，因为我对 Windows 上的 NEURON 不太熟悉：

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

接下来，您将调用与 allensdk 一起打包的脚本，以根据我们在第一个脚本 (manifest.json) 中下载的文件之一运行模型。

于 2016-10-12T17:12:38.200 回答