allen-sdk - 获取拟合的 GLIF 模型 ID 列表

Question

我想查看已经安装在数据库中的 GLIF 模型参数的许多单元格的一些统计数据。

从教程 [1] 中，我了解了如何使用 GlifApi().get_neuronal_models_by_id(neuron_model_id) 获取单个模型的拟合参数。但是如何获得神经元模型 ID 的相关列表？

我已经找到了如何获取单元格列表。因此，获取适合特定单元格的模型列表也很重要。

[1] http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/glif_models.html

Answer 1

如果您有一个细胞的 ID，您可以使用GlifApi调用中的函数get_neuronal_models()来访问该神经元模型 ID 列表。该函数采用细胞 ID 列表并返回与这些细胞相关的元数据（包括神经元模型信息）。

例如：

from allensdk.api.queries.glif_api import GlifApi

# Specify the IDs of the cells you are interested in
cell_ids = [486239338, 323540736]

# Get the metadata associated with those cells
ga = GlifApi()
nm_info = ga.get_neuronal_models(ephys_experiment_ids=cell_ids)

# Print out the IDs and names of models associated with those cells
for cell_info in nm_info:
    print "Cell ID", cell_info["id"]
    for nm in cell_info["neuronal_models"]:
        print "Neuronal model ID:", nm["id"]
        print "Neuronal model name:", nm["name"]

如果您运行该示例，您会看到您获得了有关 GLIF 模型和生物物理模型的信息。如果您想将其限制为 GLIF 模型，您可以使用神经元模型模板 ID 来执行此操作。

# Define a list with all the GLIF neuronal model templates
GLIF_TEMPLATES = [
    395310469, # GLIF 1 - LIF
    395310479, # GLIF 2 - LIF + reset rules
    395310475, # GLIF 3 - LIF + afterspike currents
    471355161, # GLIF 4 - LIF + reset rules + afterspike currents
    395310498, # GLIF 5 - GLIF 4 + threshold adaptation
]

# Only print info for the GLIF models
for cell_info in nm_info:
    print "Cell ID", cell_info["id"]
    for nm in cell_info["neuronal_models"]:
        if nm["neuronal_model_template_id"] in GLIF_TEMPLATES:
            print "Neuronal model ID:", nm["id"]
            print "Neuronal model name:", nm["name"]