On the "A Cellular Taxonomy of the Mouse Visual Cortex" page, "Explore the Data" section, the top row shows the list of cluster names of mouse visual cortex cells:
Question: Given a mouse visual cortex cell's specimen ID (e.g. 505808144), how do I find the cluster name to which that cell belongs?
I am able to get cell metadata via AllenSDK get_cell(id) method, but the returned metadata does not seem to contain the name of the cluster.
好问题。
细胞类型数据库包含两组数据集 - 大组纯转录组细胞（参见http://celltypes.brain-map.org/download）和一大组具有电生理学的细胞，其中一些还具有形态学（http://celltypes.brain-map.org/data）。有关这些研究中使用的实验概述和方法的详细信息，请参阅文档部分 ( http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation ) 中的白皮书。
您问题中的示例细胞具有电生理学和形态学，但没有转录组学，因此它本质上不属于转录组学簇。
AllenSDK 目前支持下载电生理学形态细胞的元数据，但不支持仅转录组学的细胞。您可以将这些单元格的元数据下载为 CSV 文件。如果您希望能够从 AllenSDK 而不是平面 CSV 文件访问转录组学元数据，请在 AllenSDK 问题跟踪器 ( https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues ) 上创建一个问题。
好消息 - 几天后，我们将发布您在此处 ( http://celltypes.brain-map.org/data ) 看到的大部分数据的集群分配，包括鼠标视觉皮层数据集。这将包括一些数据集的更多单元格。您将能够以 CSV 文件的形式下载此数据，包括集群分配和元数据。
请注意，细胞类型数据库中可用的小鼠视觉皮层数据是与细胞分类科学案例研究中的数据不同的一组细胞（和分析方法）。
谢谢你的提问！