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我想获得特定的神经元模型，尽管我相信我了解 RMA 查询系统，但我找不到与我正在寻找的内容相对应的有效关键字/参数/标准/参数的列表。例如，作为供体物种的“智人”是有效的，并且是有道理的。但是如果“m__biophys_perisomatic”返回所有具有 perisomatic 生物物理模型的细胞，那么“所有活跃”的细胞呢（只是一个例子，我会对许多其他类别感兴趣）？

我认为这很明显，但在我发布这个问题之前我不会偶然发现它。

如何编写查询以通过坐标RESTful获取人类微阵列数据？MNI

我想CSV在 MNI 空间中提取所有微阵列测量的基因表达水平。或者通过结构，但MNI每个微阵列样本来自的坐标。

I am downloading all the images from the Neurotransmitter study of the Allen Brain Atlas using this script:

This script downloads presumably all the available ISH experiments. However, I am wondering what would be the best way to get more of the metadata as follows:

1) type of ISH experiment, known as "gene" (for example whether an image is MBP-stained, Nissl-stained or etc). Shown in red circle below.

2) Structure and correspondence to the atlas image (annotations, for example to see to which part of brain a section belongs to). I think this could be acquired with tree_search but not sure how. Shown in red circles below from two different webpages on Allen website.

3) The scale of the image, for example how big one pixel is in the downloaded image (e.g., 0.001x0.001 mm). I would require this for image analysis with respect to MRI, for example. Shown below in the red circle.

All the above information are somehow available on the website, my question is whether you could help me to do this programmatically via the SDK.

EDIT:

Also would be great to download "Nissl" stains programmatically, as they do not show using the above loop iteration. The picture is shown below.

我正在寻找 AllenSDK 库。可以提取他们为估计各种参数所做的记录的时间序列（电池电压）吗？我可以找到如何访问参数，但我对它们的踪迹真的很感兴趣。任何人都可以帮忙吗？

这是一个关于 Allen Brain Observatory API 的问题。

我试图在特定实验中找到每个单元格的 ROI 掩码和 L0 正则化事件。我知道如何在给定特定单元 ID 的情况下获取 ROI 掩码信息，但我不知道如何获取 L0 正则化事件。据我所知，get_ophys_experiment_events() 的返回值是一个 [N_cells,N_times] 大小的数组，没有关于特定单元 ID 的信息。

我查看了 API 并进行了一些谷歌搜索，但没有找到任何东西。

以下代码获取特定实验中第一个单元格的 ROI 掩码：

以下代码获取与同一实验相关的事件：

但是，我不知道 events 变量中的哪一行对应于 cid 中存储的 ID。

有没有办法做到这一点？

我正在使用 Allen Brain 的鼠标RNA-seq 数据，并从提供的 dend.json 文件中创建一个字典，其中键是父节点，值是父节点拆分或导致的节点. 您可以在此处查看树状图。

加载 json 文件的字典如下所示：

并dictionary['children'][0]遵循左拆分，如果一个节点有两个拆分，则dictionary['children'][1]遵循右拆分。

我希望输出的形式类似于：

目前，我只能解析字典并使用改编自另一篇文章的代码返回节点：

我正在尝试下载用于艾伦研究所大脑天文台视觉编码实验的图像或视频。

我确实按照教程并成功找到了峰值和各种元数据，但我没有找到任何资源来获取图像或视频刺激。

具体来说，我正在寻找漂移光栅视频，自然电影的视频或自然场景的图像。

我正在尝试使用 Allen SDK python 包获取感兴趣的神经元的总量。reconstruction = ctc.get_reconstruction(555241040)例如，当我这样做时，我会得到那个神经元的 swc 文件。根据这个神经元重建的 swc 文件，是否可以获得神经元的总体积（以 μm^3 为单位），包括体细胞和神经突？

我是 AllenSDK 代码的初学者。我按照他们网站上报告的安装程序安装了所有相关的依赖项。我尝试按照https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/glif_models.html中报告的内容构建一个简单的代码示例。我的测试代码如下

代码似乎有效，但只有最后一行给了我以下错误

我已经安装了 Python (3.9.5) 和 h5py (3.1.0)。你能帮我解决这个错误吗？