allen-sdk - 通过 MNI 坐标提取微阵列数据

Question

如何编写查询以通过坐标RESTful获取人类微阵列数据？MNI

我想CSV在 MNI 空间中提取所有微阵列测量的基因表达水平。或者通过结构，但MNI每个微阵列样本来自的坐标。

Answer 1

这些在您可以在此处下载的压缩电子表格中提供：

http://human.brain-map.org/static/download

示例电子表格中有mni_x、mni_y和mni_z列。

通过 RMA，您可以下载给定供体的 T1->MNI 仿射变换（例如名称 H0351.2001，id 9861），如下所示：

http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d

可以将返回值重新整形为这样的矩阵（MATLAB 语法）：

M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
      x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
      x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];

然后，您可以获取样本的 T1 XYZ 坐标，与该矩阵进行预乘，您就可以得到粗略的 MNI 坐标。