0

这是一个关于 Allen Brain Observatory API 的问题。

我试图在特定实验中找到每个单元格的 ROI 掩码和 L0 正则化事件。我知道如何在给定特定单元 ID 的情况下获取 ROI 掩码信息,但我不知道如何获取 L0 正则化事件。据我所知,get_ophys_experiment_events() 的返回值是一个 [N_cells,N_times] 大小的数组,没有关于特定单元 ID 的信息。

我查看了 API 并进行了一些谷歌搜索,但没有找到任何东西。

以下代码获取特定实验中第一个单元格的 ROI 掩码:

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache

boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(510221121)

cid = data_set.get_cell_specimen_ids()[0]

roi_mask = data_set.get_roi_mask(cell_specimen_ids=[cid])

以下代码获取与同一实验相关的事件:

events = boc.get_ophys_experiment_events(ophys_experiment_id=510221121)

但是,我不知道 events 变量中的哪一行对应于 cid 中存储的 ID。

有没有办法做到这一点?

4

1 回答 1

0

艾伦脑图社区论坛https://community.brain-map.org/t/how-can-i-get-the-l0-regularization-events-for-a-specific-cell已经回答了类似的问题 -id/261

于 2019-09-09T15:54:20.547 回答