问题标签 [pydicom]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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python - 如何使用 pydicom 从 DICOM 文件访问 RGB 像素阵列?

我尝试使用未知压缩(可能没有)访问 DICOM 文件的RGB像素阵列。提取灰度像素阵列完全正常。

但是,使用

目标是将其转换为常见的灰度数组。不幸的是,结果数组output_array不包含正确的像素数据。内容不是错误缩放的,它们在空间上受到干扰。问题出在哪里?

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image - 如何将 DICOM 从 Monochrome 1 转换为 Monochrome 2?

我正在处理一个包含 DICOM 图像的项目,我需要比较两个 DICOM 图像。问题是,一个是单色 1,另一个是单色 2(零分别表示白色和黑色)。如何转换这些像素强度以进行比较?我正在使用“pydicom”工具包。

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python - 如何在 DICOM 中提取和保存视频?

我有一个包含超声视频和图像的 dicom 文件。我可以提取图像(BaseJPEG)但不能提取视频序列。数据肯定在 dicom 文件中可用,我可以在标签 ('7fe1','1001') 中看到它。视频的字符串以:

'\xfe\xff\x00\xe0H\xf3\x87\x00\xe1\x7f\x10\x00LO\x1e\x00GEMS_Ultrasound_MovieGroup_001\xe1\x7f\x02\x10LO\x08\x002D+Trace\xe1\x7f\x03\x10UL\ x04\x00\xa7\x0f\x00\x00\xe1\x7f\x08\x10SQ\x00\x00\xf66\x00\x00\xfe\xff\x00\xe0D\x00\x00\x00\xe1\x7f\x10\ x00LO\x1e\x00GEMS_Ultrasound_MovieGroup_001\xe1\x7fH\x10FD\x08\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?……

我正在使用 pydicom 读取文件并且可以毫无问题地访问图像,但无法弄清楚如何读取(以及如果需要解码)视频内容。

该文件来自 GEMS Ultrasound 设备,元信息如下:

我的目标是阅读视频并一一保存它的帧。

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python - pydicom 'Dataset' 对象没有属性 'TransferSyntaxUID'

我正在使用从这里下载的 pydicom 1.0.0a1 ,当我运行以下代码时:

发生此错误:

我阅读了 google group post,并将 filereader.py 文件更改为发布的文件,但出现此错误:

有谁知道如何解决这个问题?

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python - 迭代 DICOM 文件

我使用 pydicom 读取 dicom 文件(患者姓名),但我所有的 dicom 文件的名称都为 i34、i67 等(这些名称没有特定的顺序或顺序)。我的问题:我有一个 txt 文件中的患者姓名列表,我想用所有 dicom 文件搜索此 txt 文件中的每个患者姓名,在 dicom 文件中查找他们的 PatientName(对于那些不熟悉的人,每个 dicom 文件有许多患者的信息,其中之一是 PatientName)

示例:

txt 文件:约翰·乔治·林戈·保罗

Dicom 文件:i54 i98 i64 i12

我想要什么:选择 John 并搜索 i54、i98、i64、i12 以查找 PatientName 匹配项。并为 txt 文件中的每个名称执行此操作。希望我说清楚了。提前谢谢!

编辑

我尝试了这段代码但没有用

我采集了 20 个 dicom 图像和 20 个名称的样本。我知道这个样本只有一个 dicom 文件属于一个患者姓名,所以我的输出应该只有一个匹配项吧?但我从中得到了 20 个匹配结果。怎么了?

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python - 如何修复python中pydicom的编码问题

这是代码:

错误:

使用 pydicom 查看数据时,出现上述错误。根据此处,我找到了 'ISO 2022 IR 100': 'latin_1' 。

但是,我不知道如何解决这个问题。你能帮我解决这个错误吗?

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python - 有没有办法在 pydicom 中获取私有标签?

我正在尝试从 dicom 文件中获取私有标签。它是一个特定的标签,只有CT的一个型号才有,就是这样,标签是:

我试图通过

但无论如何我都无法得到它。
我可以使用一些帮助。

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python - pydicom:数据集没有属性“TransferSyntaxUID”

嗨,我正在使用 pydicom 读取 DICOM 文件

这篇文章不同于 pydicom 'Dataset' 对象没有属性 'TransferSyntaxUID'

这是我的代码

这会导致错误

我认为匿名时出了点问题。我想知道为什么会这样。

是否删除与 DICOM 标准相关的 TransferSyntaxUID?

而且,我可以通读MATLAB, VTK,ITK但是pydicom

所以现在我要做的是通过手动设置 TransferSyntaxUIDSimpleITK并再次通过pydicom.

我会告诉你什么时候这有效

提前致谢

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python - 西门子 CT 剂量报告/患者协议 PixelData

我正在尝试从西门子的剂量报告中提取 dicom PixelData,但它只包含零。使用 GE 剂量报告,我可以轻松地使用 pydicom 或 simpleITK 读取数据。为什么西门子报告只包含零的任何想法?

谢谢!

走到这一步,人物却一团糟,我不知道还能做什么。

剂量图像

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dicom - 在 Python 中将 DICOM 结构轮廓作为数组获取

因此,如果我有图像(CT、MRI 等)甚至是放射治疗的剂量,我可以通过以下方式将剂量或图像值提取到数组中:

这非常简单,让我能够根据需要操纵图像/剂量。但是,通常您还有一个结构文件,其中包含不同的轮廓结构,然后您可以在图像查看器或类似的东西中看到这些结构。再次,非常简单。

我的问题是我也希望这些单独的结构作为一个数组。如果我运行相同的代码,我就会得到TypeError: No pixel data found in this dataset.

我猜测结构 DICOM 文件的“制作”方式与剂量/图像 DICOM 文件不同。

那么有没有我无法找到的解决方案?我也看过这个dicompyler_core包,但据我所知,没有任何方法可以“只是”将不同的结构放入数组中。

所讨论的 DICOM 文件的 SOP 类 UID 是 RT Structure Set Storage。