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因此，如果我有图像（CT、MRI 等）甚至是放射治疗的剂量，我可以通过以下方式将剂量或图像值提取到数组中：

import dicom

ds = dicom.read_file("dicom_file.dcm")

print ds.pixel_array

这非常简单，让我能够根据需要操纵图像/剂量。但是，通常您还有一个结构文件，其中包含不同的轮廓结构，然后您可以在图像查看器或类似的东西中看到这些结构。再次，非常简单。

我的问题是我也希望这些单独的结构作为一个数组。如果我运行相同的代码，我就会得到TypeError: No pixel data found in this dataset.

我猜测结构 DICOM 文件的“制作”方式与剂量/图像 DICOM 文件不同。

那么有没有我无法找到的解决方案？我也看过这个dicompyler_core包，但据我所知，没有任何方法可以“只是”将不同的结构放入数组中。

所讨论的 DICOM 文件的 SOP 类 UID 是 RT Structure Set Storage。

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这是一个交互式会话，说明了使用 pydicom 附带的 rtstruct.dcm 文件的数据布局：

>>> import dicom
>>> ds = dicom.read_file("rtstruct.dcm", force=True)
>>> ds.dir("contour")
['ROIContourSequence']
>>> ctrs = ds.ROIContourSequence
>>> ctrs[0]
(3006, 002a) ROI Display Color                   IS: ['220', '160', '120']
(3006, 0040)  Contour Sequence   3 item(s) ----
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '5'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '1'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['-200.0', '150.0', '-20
0.0', '-200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '150.0
', '-200.0', '-200.0', '150.0', '-200.0']
   ---------
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '6'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '2'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['200.0', '-0.0', '-190.
0', '200.0', '-150.0', '-190.0', '-200.0', '-150.0', '-190.0', '-200.0', '150.0'
, '-190.0', '200.0', '150.0', '-190.0', '200.0', '-0.0', '-190.0']
   ---------
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '6'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '3'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['200.0', '-0.0', '-180.
0', '200.0', '-150.0', '-180.0', '-200.0', '-150.0', '-180.0', '-200.0', '150.0'
, '-180.0', '200.0', '150.0', '-180.0', '200.0', '-0.0', '-180.0']
   ---------
(3006, 0084) Referenced ROI Number               IS: '1'

数据存储（在这种情况下，像往常一样）作为每个平面的一组坐标。要获取一个轮廓的数据，对于一个平面，您可以使用

>>> ctrs[0].ContourSequence[0].ContourData
['-200.0', '150.0', '-200.0', '-200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '-150.0', '
-200.0', '200.0', '150.0', '-200.0', '-200.0', '150.0', '-200.0']

这些是一个接一个的 (x, y, z) 坐标的三元组。

StructureSetROISequence对于 Referenced ROI Number 给出的索引，您可以找到有关序列中每个轮廓（名称等）的更多信息。

您可以通过循环遍历该特定轮廓的 ContourSequence 中的每个数据集并将它们一起附加到一个数组中来获得所有这些的完整数组。

于 2017-10-12T18:47:56.717 回答