问题标签 [pydicom]

我正在尝试学习如何使用pydicom来读取和处理dicom图像。我正在使用 Python 3。

我得到一个错误NameError: name 'pydicom' is not defined。如果我改变

至

（dicom.read_file改为使用），我收到以下错误：

我还验证了它pydicom已正确安装和更新。

我该如何解决？

我知道我可以使用以下代码查看 dicom 文件：

但是，如何从多帧 DICOM 文件中提取和查看所有帧？我尝试使用上面的代码，但出现以下错误：

我曾尝试使用位于http://www.barre.nom.fr/medical/samples/的一些多帧文件。像素大小等可用于这些文件。

如何提取和/或查看多帧 DICOM 文件的不同帧？

编辑：使用 gdcm 的以下命令可在 Linux 上将这些文件转换为未压缩文件：

（我在提取后使用了http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/US-PAL-8-10x-echo.gz文件）。

然后由上面的 python 代码读取，但只显示第一帧。如何提取和查看其他帧？

有点奇怪的问题，但是当无法读取 dicom 文件的标签时，我正在做一些测试来处理错误。

不幸的是，我没有可用的损坏的 dicom。

具体来说，任何人都可以建议如何将某种错误编码的文本标签或一些无效的数字数据标签应用到文件上，以使 python 的 pydicom 包无法读取它？

我学习如何将 DCM 文件转换为原始文件。从 Git Hub 获取代码：
https
://github.com/xiasun/dicom2raw/blob/master/dicom2raw.py 并且出现错误“无法转换‘字节’在
“allInOne += dataset.PixelData”行中隐含地对象到str ”
我尝试使用“encode（“utf-8”）”，但它使allInOne为空。顺便问一下，有没有代码可以生成.raw文件对应的.mhd文件？

这是我的第一篇文章，我希望我遵循惯例。

我发现 pydicom 取得了很大的成功，但被困在一个特定的应用程序上。我想做以下事情：

1. 将 dicom 读入 numpy 数组
2. 重塑为（帧、行、列、像素）
3. 做一些处理，包括裁剪和转换为灰度
4. 输出为新的 dicom 文件

我用

获取我想要的初始 numpy 矩阵并进行处理。我已经确认这些步骤看起来是合理的。

在保存新的 dicom 之前，我使用新的正确尺寸更新 ds 行和列，并将 SamplesPerPixels 设置为 1。然后我在使用 .tostring() 重新分配给 PixelData 之前重塑 numpy 矩阵。

在我的 dicom 查看器中，生成的图像是无意义的（绿色）。有没有明显的逻辑错误？如果有用的话，我可以提供更多代码。

我有一堆 DICOM 图像，我正在使用 Python dicom 包读取这些图像：

我的图像实际上是一堆 256 个图像，每个图像有 3 个通道，尺寸为 256 高度和 256 宽度。

所以我尝试：

并得到

(3, 256, 256, 256)

维度输出中条目的顺序是什么？我有六分之一的变化来选择正确的假设。文档没有说明。

我想阅读一些 DICOM 文件，所以我正在测试pydicom我的工作，我认为这非常有用。

现在我想加载现有的 DICOM 文件，用另一个像素数组（例如预处理或另一个 DICOM 像素数组）替换像素数据数组，最重要的是，我想用任何 DICOM 查看器应用程序再次读取它。

对于这个测试，我使用了下面的教程代码。此代码加载一个测试数据文件。图像大小为64*64。下面的代码对原始数据进行子采样。之后，图像的大小为8*8，结果保存为after.dcm。

但是当我使用 DICOM 查看器应用程序（我使用“Dicompass”）读取文件时，DICOM 图像的大小仍然是64*64. 我错过了什么？

我参考了pydicom文档（http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/getting_started.html、https://pydicom.github.io/pydicom/stable/index.html）来解决我的问题。

我正在尝试安装 dicompyler 以通过 conda 读取 DICOM-RT 计划文件，但得到“PackageNotFoundError”。

该软件包位于https://github.com/dicompyler/dicompyler-core的 Github 上。下载并安装 tar 时使用

我收到“命令“python setup.py egg_info”失败，[目录] 中出现错误代码 1”。

有没有办法通过 conda 或 tar 安装？

这是我的嵌套目录的形式：

对于每个患者级别文件夹，我需要从相应的“ series_level ”文件夹中读取“ .dcm ”文件。

如何访问“series_level”文件夹中的“.dcm”文件？

我需要 DICOM 对象的 3 个功能。

这是我的源代码：

然后，我将把这个文档插入到 Mongo DB 中。

任何建议表示赞赏。提前致谢。

I have 20,000 PosixPath, each one pointing at a different .dcm object. I need to read .dcm objects one by one. Here is my code so far:

I get an error when I want to read a .dcm file using its PosixPath:

Any help would be appreciated.