问题标签 [pydicom]

我正在尝试读取 dicom 文件中的 dicom 标头标签。现在，有两种方法可以读取这个 dicom 标头标签。

1）在 python 中使用 pydicom 包，这在我的 python 安装版本（python 3）上显然不能正常工作。

2）或者当我通过命令行调用AFNI函数'dicom_hinfo'时，我可以获得dicom标签值。在终端调用 afni 函数的语法如下：

dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb 文件名.dcm 输出：fgre

现在我应该如何在 python 脚本中调用这个 dicom-info -tag aaaa,bbbb filename.dcm。我猜 subprocess 可能有效，但不确定在这种情况下如何使用它。

我正在向 anaconda 安装一些额外的软件包，但我无法让它们工作。一个这样的包是 pydicom，我下载、解压缩并移动到/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-package/pydicom. 在 pydicom 文件夹中，是一个名为的子文件夹source，其中包含ez_setup.py和setup.py。我跑了sudo python setup.py install它没有吐出任何错误，然后sudo python ez_setup.py install当我仍然无法让模块在 ipython 中打开时运行。现在我可以成功import dicom，但只有当我的当前目录是/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-package/pydicom/source. 如何获取它以便从任何目录导入它？我正在运行 CentOS，我把

export PATH=/usr/local/anaconda/bin:$PATH export PATH=/usr/local/anaconda/lib/python2.7/:$PATH 在我的 .bashrc 文件中。

我正在使用 pydicom 从 dicom 文件中提取图像数据。不幸的是，pydicom 无法直接提取我可以直接使用的 numpy 数据数组，但是我得到了一个包含所有十六进制值的数据字符串（iefeks \x03\x80\x01\x0c\xa0\x00\x02P\x00\x04@\x00\t\x80\x00\x03...。我知道图像数据是以 JPEG2000 格式编码的。有没有办法从这些数据中重建图像？我已经尝试过

但我得到了错误

还有其他方法可以从这些数据中创建图像吗？

错误信息：

在 [1] 中：

要安装 pydicom 我使用

然后上传到binstar，用conda install -c重新下载安装。现在可以在 anaconda 环境中看到它。

谢谢您的帮助。

我正在寻找一个应用程序，无论是在 Python 内部还是外部，它都允许我获取现有的 DICOM 文件，随后将一些标记添加到医学图像（例如彩色点），然后保存这些标记的坐标和最终图像。这是可以在例如 PyDicom 或其他程序中完成的吗？欢迎任何想法。

我有一组 20 张 DICOM 图像，我需要显示这 20 张图像的 Window 和 Center 的平均值。

使用pydicom我得到了这些标签的值，其中 20 个图像的值相等，WindowWidth = ['56', '3200']并且WindowCenter = ['29', '700'].

如何计算这个平均值到窗口和中心？

我的简化代码，如果有帮助：

我正在编写一个应用程序来使用 Python 处理 DICOM 图像（使用 Pydicom 库）。不幸的是，根据我阅读的教程（fe here），我一开始就遇到了一个不应该存在的问题。

代码很简单，如下所示：

我用 pip 安装了 Pydicom 0.9.9 （当我使用它时它是可见的pip list。我正在用 PyDev 插件在 Ecplipse 中编写代码。

文本编辑器发现“read_file”部分无效，带有“Undefined variable from import: read_file”注释，编译器说：

奇怪的是，即使我直接从网上可用的教程之一复制一些代码，它仍然保持不变。使用该主题的解决方案也不起作用。我慢慢地用完了合理的解决方案，我仍然完全不知道出了什么问题。

PS 从 dicom/examples 文件夹打开示例 dicom 读取代码：

从命令行执行时 - 它没有问题。这让我更不知道我的代码有什么问题。

编辑：好吧，似乎只有 Eclipse/PyDev 有这个问题，当我从命令行或 Qt IPython 命令行执行任何代码时，它都可以正常工作，没有任何问题。那么 Eclipse 可能有什么问题呢？你们中有人遇到过吗？

请看这个截图：

pydicom 包不是已经安装了吗？

感谢 Igor：看起来它正在使用“import dicom”在 Sublime Text 2 的构建中工作。但是，它仍然无法在我的 Eclipse 和 PyDev 环境中工作。

***在手动在 Python 解释器配置中添加路径后，我已经解决了 Eclipse 中的问题（不知何故 Auto-Config 没有添加此路径。）。

我有一个 DICOM RT Dose 文件，我想用一个新的来更改原始的 pixel_array。问题是，当我给某个像素赋予新值时，它会在过程中的某个地方随机变化。下面给出了交换的代码块。我一次交换一个像素只是为了检查问题出在哪里，所以我知道它可以做得更快：

原始的pixel_array 是dosem.pixel_array，而新的pixel_array 是pixel_arrayFLK。作为发生的事情的一个例子：

pixel_arrayFLK[86][85][78] 的值为 65813。原来的 dosem.pixel_array[86][85][78] 的值为 62947。交换之后 pixel_arrayFLK[86][85][78] 仍然有值 65813 而 dosem.pixel_array[86][85][78] 现在突然变为 277。

打印功能产生：

但是，如果我将 pixel_arrayFLK 的所有值除以 2，则交换工作正常。我真的不明白发生了什么。它可能与 DICOM 文件中的数据类型有关吗？DICOM 中包含的更多信息：

我有另一个 DICOM 文件，其中分配的位 = 32，存储的位 = 32 和高位 = 31。这个文件中的 pixel_array 交换看起来很好。

我是新的 Ubuntu 和 Python，所以任何帮助将不胜感激。

我需要编写适用于 dicom 图像的 Python 程序。（核磁共振数据）

我安装了 pydicom：

（在尝试 pip install 和 comda install 之后）在 conda list I sea：“pydicom * 0.9.8 py27_0 auto”

运行时：import dicom 在 Jupyter 笔记本中，我得到：

（我试过“import pydicom as dicom”同样的错误）

Ubuntu 版本：Ubuntu 14.04.4 LTS conda 4.0.6 Python 2.7.11 :: Anaconda 自定义（64 位）Jupyter 版本：4.1.0

我怀疑我的环境变量有问题，当我尝试运行 ipython notebook 时，我得到：

但是 jupyter notebook 正在工作。

当我运行时：locate -i dicom 我只在 spyder 目录中看到 dicom：

/home/naomi/anaconda/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py /home/naomi/anaconda/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.pyc /home/naomi/anaconda /pkgs/spyder-2.3.5.2-py27_0/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py /home/naomi/anaconda/pkgs/spyder-2.3.5.2-py27_0/lib/python2.7/site -packages/spyderplugins/io_dicom.pyc /home/naomi/anaconda/pkgs/spyder-2.3.8-py27_1/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py /home/naomi/anaconda/pkgs/spyder -2.3.8-py27_1/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.pyc

当我运行时：locate -i pydicom 我没有得到任何目录。安装了吗？