问题标签 [protein-database]

我有一个代表轨迹的 pdb 文件，该文件看起来像

我要打印信息

适用于所有型号。保留文件的格式。我试过这个

但是我的文件太大了，无法手动进行。我想将每个模型保存为模型 1、模型 2 等及其坐标信息，直到 ENDMDL

我想从任何蛋白质数据库中提取蛋白质序列及其相应的二级结构，比如 RCSB。我只需要短序列和它们的二级结构。就像是，

即使序列很长也没关系，但我希望在末尾有一个标签来表示它的二级结构。是否有任何编程工具或任何可用的东西。

正如我上面所展示的，我只想要这么少的信息。我怎样才能做到这一点？

I have a protein network loaded into cytoscape. I want to get the network nodes into a shape that corresponds that of the protein shape/structure. This is so that I can superimpose the network image onto the protein structure image. I tried RINanalyzer and structureviz2, but it didn't help. Any solutions?

好的。让我先解释一下事情。我使用了Biopython此代码中命名的特定模块。如果您不习惯该模块，我将解释解决问题的必要细节。

代码是：

PDB 文件是蛋白质数据库文件。我正在使用的文件可以从https://drive.google.com/open?id=0B8oUhqYoEX6YVFJBTGlNZGNBdlk下载

如果您从第一个 for 循环中删除散列，您会发现它get_coord()返回一个(124,3)带有 dtype 的数组float32。同样，下一个 for 循环应该返回相同的值。

它给出了一个奇怪的错误：

我完全不知道它是如何创建一个248,3数组的。我只想在自身上添加数组坐标。我尝试对代码进行另一种修改：

它给出了同样的错误。你能帮我吗？？？

我正在处理来自蛋白质数据库的文件，它看起来像这样。

首先，我只需要提取标记为 ATOM 的行的第四列，这是特定原子所属的氨基酸序列。我在这里做过。

产生这个的输出

但我现在需要的是只输出第一个 ASP 和第一个 MET 等并将它们连接起来，这样它就会看起来像这样。

我在想也许我会尝试向前迭代一行并比较它，直到它与第一个输出不同，但我不确定我将如何做到这一点，如果您有任何其他想法或对我的代码有任何改进，请执行欢迎提出您的建议，谢谢。我还需要提一下，实际上一个文件中可能有两个相同的氨基酸，因此输出可能是“ASP MET ASP”

我使用来自 Bio.PDB 的函数 retrieve_pdb_file 获取了蛋白质的晶体结构。默认格式已从 PDB 更改为 PDBx/mmCif。我想从 cif 文件的标题中提取蛋白质序列。Bio.PDB 中应该有一个名为 MMCIF2Dict 的简单函数来执行此操作，但该模块不可调用。我还手动下载了 cif 文件并将其放在脚本文件夹中，但仍然是同样的错误。我的 biopython 是最新的。我做错了什么还是模块没有很好地实现？谢谢您的回答。

TypeError：“模块”对象不可调用

上次我的问题是， （如何使用正则表达式获取方括号之间的内容？）

我想获取括号之间的内容并制作名为 50267.fa 的新文件，如下所示

我得到了这样的答案，

当我尝试使用该代码时，它运行良好。但我不明白下面的代码是什么意思

我正在尝试找到一种使用 BindingDB 下载蛋白质 PDB 文件的方法。我有一个具有不同 BindingDB ID 的文件，我想为每个 ID 与蛋白质结合的每个配体下载 PDB 文件。

我正在使用脚本从 RSCB 下载特定的 PDB 文件：PDB。现在我必须这样做，但我有 BindingDB ID。

我之前使用的脚本如下所示：

我正在使用 BioPython 进行命令行 BLAST。我需要搜索 TrEMBL，但我无法找到如何做到这一点。我知道我可以选择 db="nr"，这很有效，但我只想搜索 TrEMBL，它构成 nr 序列的子集。另外，我需要能够在线进行，而不是远程进行！

编辑：如果有人遇到同样的问题：经过大量实验，我设法完成这项工作的唯一方法是下载 NCBI BLAST+ 并在独立准备好的库上进行远程搜索。如有疑问，请与我联系。

我有一个 PDB 文件 '1abz' ( https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb )，其中包含蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释的行，有趣的信息从第 276 行开始，它显示“模型 1”。

我想相对于原点的参考系（即 x=0，y=0，z=0）移动坐标并生成一个新的坐标文件。

我通读了 biopython 教程（http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ），使用了 Atom 对象的变换方法（http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.PDB.Atom.Atom- class.html#transform），并想出了这个脚本，但没有成功。

我该怎么办？提前谢谢了！