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我正在尝试找到一种使用 BindingDB 下载蛋白质 PDB 文件的方法。我有一个具有不同 BindingDB ID 的文件，我想为每个 ID 与蛋白质结合的每个配体下载 PDB 文件。

我正在使用脚本从 RSCB 下载特定的 PDB 文件：PDB。现在我必须这样做，但我有 BindingDB ID。

我之前使用的脚本如下所示：

#! usr/bin/perl -w

open (NDX, 'file.txt');
@ndx_ar = <NDX>;
close NDX;

$ndx_sz = scalar @ndx_ar;

for ( $c = 0; $c < $ndx_sz; ++$c ) {

    chomp $ndx_ar[$c];

    if ( $ndx_ar[$c] =~ /pdb/ ) {
        $ndx_ar[$c] =~ s/.pdb//;
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
    else {
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
}

exit;
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1 回答 1

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我假设你想访问PDBBind数据库？

欢迎页面这样说

可访问性。PDBbind 中每个复合体的基本信息完全开放供访问（参见 [浏览] 页）。用户必须根据许可协议进行注册才能使用本网站提供的搜索功能或批量下载 PDBbind 的内容。所有学术和工业用户均可免费注册。请前往 [注册] 页面并按照说明完成注册。

我不是生物化学家，但我怀疑您需要注册，因为浏览设施很少。我无法帮助您使用搜索工具，因为我不明白您需要什么。

于 2017-12-03T12:58:23.853 回答