问题标签 [protein-database]
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r - 蛋白质组学：使用 MSnbase 创建 MSnSet 类文件
我想创建一个 MSset 文件（蛋白质组学数据，数据对应于光谱计数），但我收到错误消息并且卡住了（在阅读手册、帮助、论坛等之后）。
您可以在这里获取我的文件： https ://www.dropbox.com/sh/dw7zfgiku6cteba/AADP3U2yxB5LgXy5ykJYFf0ga?dl=0
这是我尝试过的代码：
最后一条命令返回错误消息
我已经验证了以下内容：
我还尝试使用“as.matrix()”代替“as.character()”，将“as.matrix()”用于“data”，将“as.data.frame()”用于“fdata”和“pdata”。
尺寸正确匹配，在这种情况下不是“NULL”，但它不能解决问题，因为我收到以下消息：
如果我尝试：
我尝试使用以下内容创建我的 MSnSet 文件（初始读取为.character ...）：
如果我为“data”读取文件“as.matrix”，为“fdata”和“pdata”读取文件“as.data.frame”：
所以我不知道问题出在哪里。关于如何正确创建我的 MSnSet 文件的任何想法？
非常感谢您的帮助。
天空R
python - 如何使用 Bio.PDB.Selection 仅展开蛋白质原子？
当我使用上面的代码在 PDB 4GBX 中展开链 E 时，最后 2 个氧原子atom_list属于同一链中的水杂原子。如何获得仅包含蛋白质残基原子的列表并在选择中避免其他配体或水分子？
machine-learning - 使用机器学习进行信号肽预测
谁能指导我如何使用机器学习技术从蛋白质序列中预测信号肽？
任何指南、参考或教程都会非常有帮助。
先感谢您。
python-3.x - 无法运行 Porter5：生成 `.flatpsi` 文件而不是 `.psi`
我正在尝试使用 Porter5 对包含一堆蛋白质序列的 FASTA 文件运行蛋白质二级结构预测。我正在使用 Linux 机器。
对于初学者，我决定尝试使用随 Porter5 一起下载的示例文件，名为2FLGA.fasta. 我使用的命令是我在 Porter5 的 GitHub 页面上找到的（https://github.com/mircare/Porter5/）
$ python3 Porter5.py -i example/2FLGA.fasta --cpu 4
我收到以下错误消息：
在 PSI-BLAST 之后，Porter5 脚本需要一个名为2FLGA.fasta.psi. 我检查了example目录，它包含一个名为2FLGA.fasta.flatpsi.
我不确定在这里做什么。我不想尝试修改任何 Porter5 脚本来查找.flatpsi文件而不是.psi文件，因为我是编程的初学者，并且我不希望通过篡改代码来破坏一切。
有人可以帮我吗？任何帮助表示赞赏。
（有一堆错误需要稍后进行协商，但我会在处理第一个错误后看到这些错误。）
bioinformatics - 带有一个SS键的蛋白质？
我想找到只有一个 SS 键的蛋白质？有没有可以搜索的数据库？我在https://www.rcsb.org/上尝试过高级搜索，但没有这样的选项，至少我找不到它。
bioinformatics - 如何使用 python 脚本或命令行以 mrc 格式在 Chimera 上保存 molmap/密度图？
我知道如何手动保存 molmap，但无法使用脚本进行保存；当我使用命令 save 或 export 时，文件保存为 .py 或 .x3d，而不是 mrc。我应该怎么做才能使用脚本或命令行正确保存文件？非常感谢。
python - python - 如何使用python从pdb文件中仅选择具有杂原子的RNA？
我正在尝试在复杂的蛋白质/RNA PDB 文件中将 RNA 从蛋白质中分离出来，并且我想要所有 RNA 信息，其中杂原子位于碱基之间但没有 H20 等。简而言之，我希望 pdb 文件的 RNA 部分没有不连续的线条。
我设法使用 Bio PDB Select 将 RNA 从蛋白质中分离出来，但当我使用 is_aa(residue) 时，它会将杂原子视为氨基酸。所以杂原子不会出现在我的“唯一 RNA”文件中。
bash - 如何修复“s”命令的“明确重定向”和“未知选项：对于 sed
我正在尝试使用以下脚本将 pdbqt-flexible 文件合并到一个 pdb 中：
http://prosciens.com/prosciens/oldproscienssarl/files/flexrigidpdbqt2pdb_template.sh
有问题的片段：
让我们合并文件
首先我们清理模型 PDB
/li>接下来我们创建一个残基列表
/li>然后我们将模型文件拆分成残差
/li>
目前它在 #3 步骤失败，产生以下错误：
我尝试使用一些 sed 替换来修复错误：
但到目前为止，一切都没有改变。
我的 sed 版本是 4.4
python - 通过建模器和 python 预测蛋白质
我正在尝试运行一个由 salilab 编写的 python 脚本作为建模软件的教程。本教程中有一个带有以下代码的 python 文件：
当我尝试在 cmd 中运行程序时，出现错误：没有名为 pylab 的模块，但我已经安装了 matplotlib、numpy 和 scipy，当我在 Visual Studio 中运行它时也没有问题。谁能帮我理解问题是什么？
python-3.x - 如何比较两个 txt 文件，然后在其中一个中应用更改
我正在尝试合并两个文本格式 (PDB) 文件。一个（较大的）包含描述蛋白质的完整数据集，第二个包含非常小的数据集，仅更改一小部分（坐标集）。
例子：
基本文件（部分）：
辅助文件（带有要替换的坐标集）：
预期结果：-> 改变坐标 <-
我尝试通过以下方式这样做：
构建列表并将每一行附加为两个文件的单个条目
从两个文件中提取原子类型、残基名称、链和残基编号（例如 CD1 LEU A 92，分别）并附加到另一个列表
比较提取列表
根据第 3 点，从第 1 点写入包含混合列表的文件。
代码：
不幸的是，它提供了无限长的文件，没有任何更改的行。你能告诉我哪里出错了吗？