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我一直在从事蛋白质二级结构预测项目。我无法在线找到 RS 126 数据集。我在那个数据库中找到了一个蛋白质列表。在对它们进行 PSI BLAST 搜索并采用 *.mat（MATLAB 数据集）格式后，我正在寻找相同的蛋白质。

谢谢！

使用典型的 pdb 文件，我能够使用类似于 Biopython 文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。此处显示：

Biopython 中是否有一种方法可以计算从原子到具有 xyz 坐标的固定点的距离？如果不是 Biopython，解决这个问题的最佳方法是什么？谢谢。

目标：我正在尝试在 Python RegEx 中执行剪切，其中 split 并不能完全满足我的要求。我需要在一个模式内剪切，但在字符之间剪切。

我在找什么：

我需要在字符串中识别下面的模式，并在管道的位置拆分字符串。管道实际上不在字符串中，它只是显示我想要拆分的位置。

图案：CDE|FG

细绳：ABCDEFGHIJKLMNOCDEFGZYPE

结果：['ABCDE', 'FGHIJKLMNOCDE', 'FGZYPE']

我试过的：

我似乎使用带括号的拆分很接近，但它不会像我需要的那样将搜索模式附加到结果中。

re.split('CDE()FG', 'ABCDEFGHIJKLMNOCDEFGZYPE')

给，

['AB', 'HIJKLMNO', 'ZYPE']

当我真正需要的时候，

['ABCDE', 'FGHIJKLMNOCDE', 'FGZYPE']

动机：

使用 RegEx 进行练习，并想看看我是否可以使用 RegEx 制作一个脚本，该脚本可以预测使用特定蛋白酶消化蛋白质的片段。

我有一个小问题...

我知道要使用 BioJava 下载 PDB 结构，我应该使用

我应该怎么做才能使用 mmCIF 文件？

我看到了许多仅用于二维图像的 SIFT 示例：http: //docs.opencv.org/3.1.0/da/df5/tutorial_py_sift_intro.html。但是在 Wikipedia 中写到 SIFT 也可以应用于“3D 建模”。请帮我在 Python 中找到 3 维图像的示例，或者提供您自己的示例。我需要找到给定蛋白质中氨基酸的位置（creo EM 扫描），并且我想将 SIFT 的精度与其他启发式计算进行比较。

我想通过 Python 从 Moonlighting Protein Database (www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=) 中提取具有氨基酸序列的 FASTA 文件，因为这是一个迭代过程，我更愿意学习如何编程而不是手动执行，b/c 加油，我们在 2016 年。问题是我不知道如何编写代码，因为我是新手程序员 :( 。基本的伪代码是：

提前致谢！

我试图找到不包含重复 3-mer 的最长可能连续数字字符串的长度。

这是一个生物信息学问题，我正在为蛋白质序列排序。

基本上，类似的东西0102340109不起作用，因为010重复。

但是类似的东西是0002223589765有效的，因为你找不到任何重复的 3 位数字。

我需要找到最长的序列，我有点卡住了，一无所知。

我正在尝试浏览一个 .pdb 文件，计算蛋白质复合物链 A 和 B 上不同残基的 α 碳原子之间的距离，然后将距离连同链标识符和残基编号一起存储在字典中。

例如，如果在链 A 上的残基 100 上发现第一个 α 碳（“CA”），并且它所结合的在链 BI 上的残基 123 上，我希望我的字典看起来像 d={(A, 100) :[B, 123, distance_between_atoms]}

它已经运行程序很长时间了，我不得不中止运行（我在某处做了一个无限循环吗？？）

我也试图这样做：

但它以以下格式打印有关残留物的信息：

它没有打印与距离相关的任何内容。

非常感谢，我希望一切都清楚。

我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“绑定”。这是基于这样一个事实，即如果距离（欧几里德，可以通过给定的 x、y、z 坐标找到）小于两个原子的范德华力加上 0.5A，则认为它是束缚的。问题是我不明白如何计算每个原子的范德华。因为在 PDB 中，原子名称类似于 CB1、CA 等，而不是单个原子。例如，我知道 N 的 Waals 半径。我可以编写代码来计算原子之间的原子距离，但我没有做范德华部分，这是必不可少的。这是我为从两个链和 PDB 链接中提取信息而编写的代码：

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3KUD

我可以在这两个链之间创建 for 循环并比较距离，只要我知道如何计算两个可能相互作用的原子之间的范德华半径。

编辑：我决定继续前进，假设每个原子都是第一个字母，因此 CB、OG1 分别是碳和氧，并且将采用它们的范德华值。尽管如此，我仍然在努力编写代码以在两个链之间创建循环并以 if 'vanderWaalsOfatomOfChainA + vanderWaalsOfatomOfChainB + 0.5' > '他们的距离基于欧几里得公式'的形式计算距离：等等。

编辑：我设法将范德华半径添加到 Chain_A 和 Chain_B 中的每个列表中，这是代码：

但我所需要的只是找出如何为两条链创建一个 for 循环。我的意思是我必须比较 A 和 B 的所有原子。 12. 每个列表中的槽给出范德华半径，我需要计算每个 A 列表的第 12 个加上每个 B 列表的第 12 个加上 0.5 并将其与欧几里得公式！

最终编辑：写了这段代码，但它不起作用！基于这个想法，我必须将Chain_A的每个元素与Chain_B进行比较。

我试图检索具有 THR、PHE、TYR、TRP 及其原子坐标的记录以进行进一步处理。但是，pdb 文件中似乎有很多不可见的 ascii 字符，这些字符搞砸了一切。如何摆脱这个？