我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“绑定”。这是基于这样一个事实，即如果距离（欧几里德，可以通过给定的 x、y、z 坐标找到）小于两个原子的范德华力加上 0.5A，则认为它是束缚的。问题是我不明白如何计算每个原子的范德华。因为在 PDB 中，原子名称类似于 CB1、CA 等，而不是单个原子。例如，我知道 N 的 Waals 半径。我可以编写代码来计算原子之间的原子距离，但我没有做范德华部分，这是必不可少的。这是我为从两个链和 PDB 链接中提取信息而编写的代码：
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3KUD
a = open('3kud.pdb', 'r') # opening the PDB file
b = a.readlines() # reading the file line by line
c = [x.strip('\n') for x in b] # extracting '\n' from each line
d = []
# Creating a function that extract information from the given PDB list(only the ATOM parts)
def pdbread():
global c # calling c in order to define d based on c.
global d # empty list that contains all the atoms in the list
for i in range(len(c)):
if c[i].startswith('ATOM'):
d.append(c[i])
else:
continue
return d
print 'The atom part of the given PDB file', pdbread()
w = [] # I, then, splitted the given whole atom list part so that each column could be read on the file.
for i in range(len(d)):
line = d[i].split()
w.append(line)
Chain_A = []
Chain_B = []
for z in w:
if z[4] == 'A':
Chain_A.append(z)
if z[4] == 'B':
Chain_B.append(z)
print 'Splitted form of the atom part of the PDB file', w
print 'Chain A :', Chain_A
print 'Chain B:', Chain_B
我可以在这两个链之间创建 for 循环并比较距离，只要我知道如何计算两个可能相互作用的原子之间的范德华半径。
编辑：我决定继续前进，假设每个原子都是第一个字母，因此 CB、OG1 分别是碳和氧，并且将采用它们的范德华值。尽管如此，我仍然在努力编写代码以在两个链之间创建循环并以 if 'vanderWaalsOfatomOfChainA + vanderWaalsOfatomOfChainB + 0.5' > '他们的距离基于欧几里得公式'的形式计算距离：等等。
编辑：我设法将范德华半径添加到 Chain_A 和 Chain_B 中的每个列表中，这是代码：
for z in w:
if z[2][0] == 'N':
z.append(1.55)
if z[2][0] == 'O':
z.append(1.52)
if z[2][0] == 'C':
z.append(1.7)
if z[2][0] == 'S':
z.append(1.8)
if z[2][0] == 'H':
z.append(1.2)
但我所需要的只是找出如何为两条链创建一个 for 循环。我的意思是我必须比较 A 和 B 的所有原子。 12. 每个列表中的槽给出范德华半径，我需要计算每个 A 列表的第 12 个加上每个 B 列表的第 12 个加上 0.5 并将其与欧几里得公式！
最终编辑：写了这段代码，但它不起作用！基于这个想法，我必须将Chain_A的每个元素与Chain_B进行比较。
A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A, Chain_B):
if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
A_binding.append(x)
B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding