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我在 BioJava 中搜索一种方法以从 PDB 文件中获取 Atom 序列。我观看了 BioJava API，但对于 getAtomSequence()，它捕获了氨基酸。我在 BioJava 中尝试了其他几种方法，但没有达到我想要的效果。

有人可以在这里帮助我吗？

谢谢

这是一个典型的输入.txt文件（也称为 fasta 文件）：

可以在此处找到读取序列的代码。

它给出了正确的输出，如下所示，带有制表符分隔：

问题是我在 NetBeans 中开发了一个包含JTable5 列的表单，即：

和一个JTextArea。我想在列中显示上述输出JTable，而其他列保持为空；当我在 中单击“contig00001”时JTable，应在JTextArea.

我怎样才能做到这一点？任何建议将不胜感激。

我有以下问题：

• 我有 2 串 DNA 序列（由 ACGT 组成），它们在一两个点上有所不同。
• 发现差异是微不足道的，所以让我们忽略它
• 对于每个差异，我想获得代表两种可能性的共识符号（例如 A 或 C 的 M）

我知道我可以制作一个巨大的if 级联，但我想这不仅丑陋且难以维护，而且速度也很慢。

什么是一种快速、易于维护的方法来实现它？也许是某种查找表，或者组合的矩阵？任何代码示例将不胜感激。我会使用 Biojava，但我已经使用的当前版本不提供该功能（或者我还没有找到它......）。

更新：这里似乎有点混乱。共识符号是单个字符，代表两个序列中的单个字符。

例如，String1 和 String2 是“ACGT”和“ACCT”——它们在位置 2 上不匹配。所以，我想要一个共识字符串是 ACST，因为 S 代表“C 或 G”

我想做一个这样的方法：

更新 2：如果我只有 2 个序列，一些建议的方法可以工作。我可能需要对这些“共识”进行多次迭代，因此输入字母表可能会从“ACGT”增加到“ACGTRYKMSWBDHVN”，这会使一些提议的方法难以编写和维护。

我想在这里使用这个例子：http: //www.biojava.org/wiki/BioJava%3aCookbook%3aSeqIO%3aReadGESBiojavax

但是它无法找到我使用的 org.biojava 导入。我尝试下载和编辑 POM.xml 并将其添加到项目中，但没有任何效果。有什么建议么？

我对 Java 很陌生，想构建一个可以将 GenBank 文本文件转换为 FASTA 格式的程序。基本上会有两个 texboxes：一个是我上传 GenBank 格式文件的地方，另一个是显示转换后的 FASTA 格式文件的地方。

这是一个 GenBank 格式文件：

其对应的FASTA格式文件为：

任何人都可以帮助我提供有关如何修剪 GenBank 文件并通过单击按钮将其显示在第二个文本框中的方法或代码的建议。

我正在使用 Netbeans 6.9。

1. 我是编程新手，想使用 Biojava3 中的一个类。特别是来自 GeneIDXMLReader 类的 getDNACodingSequences 方法。当我在下面包含 import 语句时，它不会编译。我也尝试在 Eclipse 中使用查找功能，但它也没有看到它。

   /li>

我已经下载了 biojava jar 文件并保存在我的类路径中。我正在尝试从以下示例进行测试： http: //www.biojava.org/wiki/BioJava :CookBook:Core:FastaReadWrite

但是，它给了我错误：

我有站点中显示的示例文件的 24 个错误。我将 jar 文件保存在类路径中。那为什么这给了我错误？我错过了任何一步吗？

在 Windows 8 上使用 Eclipse 运行我的代码时遇到问题。下面的代码在 Linux 上的 Eclipse 中运行顺畅，但在 Windows 8 中却没有。

基本上getStructure方法尝试下载 PDB 文件，但它失败并给出以下错误。

我尝试重新安装和更新JDK，关闭了我的防火墙，添加-Djava.net.preferIPv4Stack=true但我仍然无法解决问题。任何建议将不胜感激。提前谢谢了！

有谁知道如何使用 Biopython 或 BioJAVA 从 FTP ncbi 自动搜索和解析 gbk 文件。我在 Biojava 中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。我也尝试过 BioPython，这是我的代码：

但是，只有 3 种鸟分枝杆菌（全基因组序列和完全注释），我得到的结果是 59897。

谁能告诉我如何在 BioJava 或 BioPython 中执行搜索。否则我将不得不从头开始自动化这个过程。

谢谢你。

我有多个序列对齐的问题。我有两个序列如下，我正在尝试使用 biojava 方法对齐它们，我得到这样的错误。我不知道出了什么问题。我知道序列的长度不同，但没关系。

GSKTGTKITFYEDKNFQGRRYDCDCDCADFHTYLSRCNSIKVEGGTWAVYERPNFAGYMYILPQGEYPEYQRWMGLNDRLSSCRAVHLPSGGQYKIQIFEKGDFSGQMYETTEDCPSIMEQFHMREIHSCKVLEGVWIFYELPNYRGRQYLLDKKEYRKPIDWGAASPAVQSFRRIVE SMSAGPWKMVVWDEDGFQGRRHEFTAECPSVLELGFETVRSLKVLSGAWVGFEHAGFQGQQYILERGEYPSWDAWGGNTAYPAERLTSFRPAACANHRDSRLTIFEQENFLGKKGELSDDYPSLQAMGWEGNEVGSFHVHSGAWVCSQFPGYRGFQYVLECDHHSGDYKHFREWGSHAPTFQVQSIRRIQQ

线程“main”中的异常 java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 1 at org.forester.evoinference.distance.NeighborJoining.getValueFromD(NeighborJoining.java:150) at org.forester.evoinference.distance.NeighborJoining.execute(NeighborJoining.java:123 ) 在 org.biojava3.alignment.GuideTree.(GuideTree.java:88) 在 org.biojava3.alignment.Alignments.getMultipleSequenceAlignment(Alignments.java:183) 在 Fasta.main(Fasta.java:41)