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代码有什么问题？

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我想问一下是否可以使用 biojava 添加序列来退出配置文件对齐？我的意思是我想保持我现有的个人资料稳定。如果我添加新序列进行对齐，如果配置文件中出现间隙，它将贯穿整个列 - 这就是我想要得到的。

有没有什么方法可以在 biojava 中使用来预测给定序列的二级结构？

或者如果没有任何人我该如何实施它？任何源代码？有推荐的exe吗？

I am trying to do a structural alignment using BioJava libraries. I want to pick some chains from one structure object one by one and add them to another structure object so I can do structural alignment with them but I couldn't yet figure out how. The code I wrote so far is below, but it gives null pointer exception (probably because new_structure is set to null). What else can I try?

大家好，我对 biojava 还很陌生，并试图实现这段代码：

执行这些行后，我收到以下错误消息：

线程“主”java.lang.NoSuchFieldError 中的异常：org.biojava.bio.structure.align.util.UserConfiguration.(UserConfiguration.java:87) 处 org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache 处的 lineSplit。 (AtomCache.java:115) 在 protein_structure.main(protein_structure.java:27) Java 结果：1

我无法弄清楚这个错误的原因，我下载了我正在使用的蛋白质的 pdb 文件（在本例中是 /tmp/ 目录中的“4HHB”，但仍然出现相同的错误。谁能告诉我如何使用 Atomcache功能有效吗？谢谢

我在大学的生物信息学课程中有一个项目，我的项目中的一件事是基因预测。

我今天的问题是如何获取字符串中多个特定单词的所有索引。例如，在我的例子中，我想找到所有出现的起始密码子("AUG")和终止密码子("UAA","UAG", "UGA")并使用它们来预测基因，只需尝试执行开放阅读框 (ORF)

这是我的初始代码：

这是 checksum() 方法：

我尝试了其他解决方案，但没有什么对我有用。欢迎任何帮助/建议。

我想使用 Java 从两个大文本文件（大约 2 或 3 GB）中的数据制作一个大文本文件。我必须将这两个文件合并为一个，同时比较这些文本文件中的数字。一个文件包含如下信息：

它只不过是一个床文件（用于生物信息学）。另一个文件包含如下信息：

它只是一个 fasta 文件（用于生物信息学）我要做的是我必须从床文件中选择一行，并且需要从 fasta 文件中提取该染色体的开始和结束位置的序列（在床文件 2nd 中提到和第三列）并制作如下文件：

我可以用小文件来做到这一点，它可以工作。我拆分每个输入文件的行并将它们存储在两个ArrayLists 中。然后，我比较两个ArrayLists 的元素。如果元素匹配，我合并两个文件的特定行。

这是我适用于小文件的代码：

我试图BioJava从维基百科运行一个非常简单的示例复制和粘贴。

但是，当我运行它时，出现以下异常：

版本：

我在让 BioJava 在使用 Maven 构建的 Netbeans RCP 应用程序中工作时遇到问题。我创建了一个 Maven 模块作为包装器，包括在 POM 中公开的 org.biojava.* 和 org.forester.* 包。然后，从另一个模块中，我将包装器设置为依赖项，并使用 BioJava 食谱中的一些基本示例进行测试。

每当我尝试从 BioJava 实例化某个类的对象时，应用程序都会冻结，我必须使用 Windows 任务管理器将其终止。

这是包装器的 pom 文件：

这是我尝试开始工作的一些代码。这只是一个非常粗略的示例，从 TopComponent 中的按钮调用。输入和输出只是文本字段。

这是阅读器类：

在 (Netbeans) IDE 中，在自动完成中找到并使用类，并且项目成功构建，在每种情况下都表明主要依赖项设置正确。

我正在使用 Netbeans 上的 biojava 1.8.1 版本，并使用ChromatogramGraphic类尝试创建色谱图的图像。( http://www.biojava.org/docs/api1.8/ )

我制作了一个文件选择器来访问色谱图，并使用ChromatogramFactory（来自 biojava）类从文件中创建色谱图对象。

显然，这是：

http://biojava.org/pipermail/biojava-l/2003-June/003896.html

代码可以完成我想要的。我不明白它的作用，我认为我不能使用类似的语法在我的 JFrame 上绘制图像。

任何帮助将不胜感激。

[我到目前为止所拥有的。我不知道它大部分是做什么的。]