prediction - Biojava二级结构预测

Question

有没有什么方法可以在 biojava 中使用来预测给定序列的二级结构？

或者如果没有任何人我该如何实施它？任何源代码？有推荐的exe吗？

Answer 1

我认为它在 BioJava 中不可用，但您可以做的是使用 BioJava 库（http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:NCBIQBlastService）或 RCSB 网页并从您的 BLAST 搜索中进行 BLAST 搜索可以找到具有 3D 结构的蛋白质。之后您可以使用包中类的suggestDomains(Structure s)方法。域可能会给你一些关于二级结构的想法。LocalProteinDomainParserorg.biojava.bio.structure.domain

Answer 2

我认为 biojava 中的序列没有二级结构预测。然而，基于 DSSP 算法的结构，存在二级结构分配，请参阅https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/secstruc.md