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我已经创建了一个色谱图（一个 dna 序列）。

我将如何在每个碱基上加上一个数字？

我可以得到图片的像素长度和碱基数。如果我将这些除以，我将得到碱基调用之间的平均距离，这将提供每个碱基调用去向的良好近似值。

我如何在图片顶部放置数字（1 - [碱基数]）？

这是 GUI 的图片以及程序的外观：

https://drive.google.com/file/d/0B5nGPfKaY21KVFVsaE9XSHJmWG8/view?usp=sharing

这是源代码：

[当按下 getChrom 按钮时，方法 renderTrace 被执行，渲染轨迹。]

我正在使用 biojava 创建色谱图。

色谱图是图像。每个碱基调用都保存在一个矩形内。

获取 x 坐标（左侧）： gfx.getCallboxBounds(int i).getX();

获取宽度： gfx.getCallboxBounds(int i).getX()

其中整数 i 表示构建色谱的矩形排列中的矩形。

要获得给定基础的置信度值：

（我创建了一个名为 confidence 的数组）confidence[i - 1];

我在哪里，再次，有问题的基地。

置信度值报告在 1 到 70 之间。图像的高度为 240 像素。

对于每个碱基调用的宽度，我想在序列的相对高度处打印 2 个像素粗的灰线。

例如，如果 basecall (Rectangle) 60 的质量为 40，其宽度为 20，则会在其宽度为 137 像素 (40 / 70 * 240) 处绘制一条灰线。

这是绘制轨迹的方法：

编辑：此外，序列长度与矩形的数量相同。序列中的每个字母代表一个碱基调用，每个矩形也是如此。

阅读 pdb 结构 2a65 我正面临一个氨基酸残基的情况，该氨基酸残基应被视为“蛋白质的配体”而不是“蛋白质的一部分”。

在 PDB 文件和 cif 文件中，这个 LEU.601 残基被标记为 HET，不幸的是，名称为 LEU，似乎 Biojava 自动将其标记为 ATOM。有人知道区分“蛋白质链A”和配体“LEU.601”的方法吗？

2a65.pdb 的样本：

我的 biojava 代码片段：

以及它产生的内容：

我有一个小问题...

我知道要使用 BioJava 下载 PDB 结构，我应该使用

我应该怎么做才能使用 mmCIF 文件？

以下代码：

...导致以下错误消息流：

我已经手动下载了 Biojava 4.2.4 的每个 jar 文件并将它们中的每一个都存储在桌面文件夹中（包含在我的类路径中），在我的类路径中单独列出，并将它们都存储在 C:\program files\java\jdk1.8.0 _112\jre\lib\ext 和 C:\program files\java\jdk1.8.0_112\jre\ext 但错误仍未解决。

我使用的是 Windows 10 机器、Java JDK8_112 和 BioJava 4.2.4

任何帮助，将不胜感激。

谢谢你。

在安装了 Maven 3.5.3 和 Eclipse (Oxygen) 的 Windows 10 机器上，我尝试构建 Biojava。不幸的是，在我按照站点http://download.eclipse.org/egit/updates/中列出的步骤后出现了以下输出，我不知道如何继续。

我以前从未使用过 maven（显然），所以我尝试编写一个 pom.xml 文件，其中包含每个 jar 文件。不幸的是，这也没有成功，因为我不知道正确的结构。

从命令行对以下文件使用“maven build”：

...遇到以下输出：

任何建设性的建议将不胜感激。

谢谢你。

更新：

我的 pom.xml 文件已更新为：

我想在比对后获得 2 个氨基酸序列之间的差异

例如来自：

我想知道氨基酸变化及其发生的位置。

这是我的代码：

我无法获得可用的输出。如何获得包含：T2A、E5Y 的对象？

非常感谢您的帮助和评论！

基于 biojava，我个人制作并正在使用与 blastN 一起使用的东西。

我在本地使用 v4 的 NR 和 NT DB。但是，更新此 v5 后出现了一个问题。

我尝试使用 BLAST+ 版本 2.11.0 读取和 xml 意大利面文件。（这是用于 Excel 解析。）

它在 v4 的数据库中运行良好，但 v5 没有给我结果。以下是我使用的选项。

有什么我没有检查的吗？我期待您的建议。

我想在 Android Stdio 中使用 Biojava。所以我添加了jar文件。但它可能会出错。我的 Android Studio 发生了什么？

在此处输入图像描述

BioJava 存储库通过使用 XML 使用 maven 来投影 pom.xml 文件？

https://biojava.org/wiki/BioJava%3AGetStarted