基于 biojava,我个人制作并正在使用与 blastN 一起使用的东西。
我在本地使用 v4 的 NR 和 NT DB。但是,更新此 v5 后出现了一个问题。
我尝试使用 BLAST+ 版本 2.11.0 读取和 xml 意大利面文件。(这是用于 Excel 解析。)
它在 v4 的数据库中运行良好,但 v5 没有给我结果。以下是我使用的选项。
[blastn, , -task, megablast,
-db, db_loc
-query, C:\Users\Cosmos\Desktop\report.fas,
-num_threads, 4,
-num_alignments, 10,
-num_descriptions, 10,
-out, C:\Users\Cosmos\Desktop\blast.xml,
-outfmt, 5]
有什么我没有检查的吗?我期待您的建议。