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我已经下载了 biojava jar 文件并保存在我的类路径中。我正在尝试从以下示例进行测试： http: //www.biojava.org/wiki/BioJava :CookBook:Core:FastaReadWrite

但是，它给了我错误：

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

我有站点中显示的示例文件的 24 个错误。我将 jar 文件保存在类路径中。那为什么这给了我错误？我错过了任何一步吗？

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请检查您的类路径设置和 biojava 版本。

我结合biojava的3.0.7版本从网页中获取了示例。这是我所做的

  • 下载 biojava.jar

    wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar
  • 创建一个 Java 文件FastaOpen.java，其中包含取自您的链接的代码

  • 编译

    javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java

  • 执行

    java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)

例外是好的，因为我没有指定文件名。所以，对我来说，这个例子是有效的。如果我在编译时没有指定类路径，我会得到和你一样的错误，例如：

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

上面的描述适用于 Linux。在 MS Windows 上，您应该尝试类似于以下命令的操作（在 Powershell 中发布）

  • 汇编

    PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar" .\FastaOpen.java

  • 执行

    PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads" FastaOpen

    （两个文件，java 源/类和 jar 都驻留在该Downloads目录中。

于 2013-11-02T07:19:40.397 回答