python - Biopython PDB：计算原子和点之间的距离

Question

使用典型的 pdb 文件，我能够使用类似于 Biopython 文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。此处显示：

from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()

pdb1 ='./4twu.pdb' 
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1) 
model = structure[0] 
chain = model['A'] 
residue1 = chain[1] 
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA'] 
atom2 = residue2['CA'] 

distance = atom1-atom2 

print(distance)

Biopython 中是否有一种方法可以计算从原子到具有 xyz 坐标的固定点的距离？如果不是 Biopython，解决这个问题的最佳方法是什么？谢谢。

Answer 1

您的 atom1 对象将坐标存储在coord属性中（它是一个 NumPy 数组），例如

>>> print(atom1.coord)
[ 26.26600075  25.41300011   2.84200001]

如果要计算到空间中另一个点的距离，则需要以类似的格式定义它。

import numpy
x = 1
y = 1
y = 1
v = numpy.array((x, y, z), dtype=float)

然后你可以用 NumPy计算距离。

distance = numpy.linalg.norm(atom1.coord - v)