python - Bio.PDB mmcif2dict 模块不可调用

Question

我使用来自 Bio.PDB 的函数 retrieve_pdb_file 获取了蛋白质的晶体结构。默认格式已从 PDB 更改为 PDBx/mmCif。我想从 cif 文件的标题中提取蛋白质序列。Bio.PDB 中应该有一个名为 MMCIF2Dict 的简单函数来执行此操作，但该模块不可调用。我还手动下载了 cif 文件并将其放在脚本文件夹中，但仍然是同样的错误。我的 biopython 是最新的。我做错了什么还是模块没有很好地实现？谢谢您的回答。

from Bio.PDB import *

cifFile = '1bu7.cif'
mmcif = MMCIF2Dict(cifFile)

TypeError：“模块”对象不可调用

Answer 1

尝试：

from Bio.PDB.MMCIF2Dict import MMCIF2Dict

代替 ：

from Bio.PDB import *

Answer 2

该模块实现得很好。您的代码的问题是您正在调用模块而不是函数。在您的特定情况下，模块和函数具有相同的名称，因此会造成混淆。

为了解决这个问题，您需要按如下方式修复您的代码：

from Bio.PDB import *

cifFile = '1bu7.cif'
mmcif = MMCIF2Dict.MMCIF2Dict(cifFile)