问题标签 [nipype]

我正在使用 nipype 进行图像处理项目。我的 python 版本是 3.6，我得到了这个错误

以下是导致错误的代码：

谁能帮我解决这个问题？

我有以下奇点容器配方：

我用 Singularity 构建容器如下：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项的安装和大部分构建都正常，直到我遇到source not found. 重申这个问题以及我尝试过的方法：

• 我正在从食谱中构建一个 Nipype 图像。在 %post 中，我想在“neuro”conda 环境中安装两个额外的软件包（seaborn 和 pybids）。
• 但是，当我尝试在 %post 中激活神经环境（“source activate neuro”）时，我不断收到一条错误消息，提示找不到命令“source”。
• 我想用 bash 运行 %post 中的命令，但不确定在哪里指定它。

我有一个 T1 图像 (NIFTI)，已经对齐，尺寸为 121 x 145 x 121。
图像由 nibabel 加载。体素大小为 1.5 x 1.5 x 1.5 毫米。
我想将其下采样为分辨率为 2.0 x 2.0 x 2.0 mm 的图像并保持图像对齐。

我对MRI图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我怎么做 ？如果您知道任何其他 Python 库可以做到这一点，它也可以工作。

我已经安装了这些：

示例代码：

它给出了错误：

OSError：在主机上找不到命令“fslmerge”。请检查是否安装了相应的软件包。

你能帮我么？

我正在尝试使用 nipype 运行预处理管道，但收到以下错误消息：

而且我不确定我的代码中究竟有什么问题会导致这种情况，或者这是否是我的软件的问题。我在linux系统上并使用python 3.6。

OSError：在主机 pc 上找不到命令“N4BiasFieldCorrection”。请检查是否安装了相应的软件包。

我在使用 nipype 时遇到问题。你能帮忙吗？

输出 ：

我有一个命令 nipype.interface.afni.Warp 它给了我以下 python 终端输出：

我想在“# mat44 Obliquity Transformation ::”行下方捕获矩阵并将其写入文件。我已经在 bash 中完成了这项工作，如下所示：

但是我想用 python 来编写上面的 bash 命令。

按照这篇博客文章的步骤，我尝试了这个：

但是当我输入时，p.communicate()我得到：

如何在 python 中完成这项工作？还是在 bash 中执行更好？我正在编写的脚本将使用这条线数千次，所以无论最快（我假设这也意味着最“pythonic”）的方法是什么。

是巴勃罗！

我正在尝试为 DTI 制作脚本。我已经有了函数和 nipype，但现在我正在尝试使用节点，但有一个节点需要两个输入的列表 -Merge()- 来合并两个图像。但是，它只接受一个输入，而 connect() 不允许一次输入多个输入。在此功能中，它既不允许我单独执行，也不允许我尝试 util.merge 出现错误。

我想知道我是否可以分别从两个不同节点的输出中获取两个输入，并将它们与另一个节点连接到一个列表中，然后将其馈送到将列表作为输入的节点中。或者也许还有另一种方法来定义一个允许这样做的节点？

有人知道吗？

非常感谢你提前

这可能很简单，我只是忽略了一些东西，但是你去：

我有一个形状为 4D 的数组： (x,y,z,t)

如何使用 for 循环迭代该数组的轴数？不是沿单个轴，而是每个轴一次？

像这样的东西：

谢谢！

我正在做一些事情，这实际上是我的第一次，所以事情对我来说还不是很清楚，我运行了这个代码：

这是我运行最后一行代码时显示的错误：

还有一个问题：当我尝试运行此代码时：

这是显示的错误消息：

如果有人知道解决方案，请帮助我。顺便说一句，我从视频系列中这样做，这是链接：https ://www.youtube.com/watch?v=4FVGn8vodkc&t= 4414s Nipype 展示部分。