问题标签 [nipype]

我正在尝试使用 nipype 包在 python 中进行一些注册。它适用于基本注册：

这样就成功注册了。但是，我正在尝试使用输出的 flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat' 将此配准转换应用于与输入 MRI 相同空间中的非大脑图像。

我尝试了以下方法：

希望 flt.inputs.in_matrix_file 和 flt.inputs.apply_xfm = True 标志将覆盖标准注册并仅使用矩阵来注册附加图像，但我收到此错误：

你知道为什么以及如何解决这个问题吗？

我正在尝试使用 nipype 来分析由 FSL 创建的转换矩阵。FSL 有一个名为“avscale”的脚本，用于分析这些转换矩阵（*.mat 文件）。我想知道 nipype 是否有任何接口可以包装该脚本并使其能够处理其输出。

谢谢

我正在尝试用 NiPype 替换我们的内部管道基础设施。

作为测试，我想连接到简单的函数，其中第一个函数获取输入，经过一些计算返回一个输出，该输出用于第二个函数作为输入：

我收到以下错误：

如果我只是运行 pipeline.run()，则会收到此错误：

我该怎么办？

谢谢！

我正在尝试在 Nipype 上运行一个简单的 matlab 界面，如下所示，但不知何故它卡在了 run() 代码中。我的命令行不再继续。但是，如果我复制 mlab.cmdline (matlab -nodesktop -nosplash -singleCompThread -r "addpath('/somepath');pyscript;exit") 并将其传递到命令行，它会完美运行。

这是 ipython 键盘中断：

我已经阅读subprocess了该站点中的其他问题，但它们都与Popen(). 就我而言，有问题poller.poll()。当它到达这条线时它不再处理。

下面的部分代码没有任何错误：

但是，当我Node使用相同的 script( fslorient) 添加第二个属性错误时：

属性错误：

下面的代码名为 fslorient.py

我找不到问题。

编辑：我也使用了其他包装并遇到同样的错误！

我正在使用 enthought canopy 的特性来包装 Nipype 的代码。我知道格式参数%d适用于整数变量。但是，Multiplication下面的变量也应该是一个文件。

所以，我想使用Any而不是，Int但我不知道相应的格式参数是什么Any。下面怎么换%?？

我是 python 的新手，或者更具体地说是 ipython。如NiPype所述，我一直在运行一个名为SPM的统计包中应该是非常简单的Dicom转换的步骤，用于MRI图像文件。我无法让它运行，并且想知道我做错了什么。我没有收到错误消息，而是没有文件更改或输出。它只是挂起。有谁知道我可能做错了什么？我很可能在这里遗漏了一些非常简单的东西（对不起:(

我需要对 .nii 图像进行大脑提取。我在 Windows 10 上使用 Anaconda，并且有一个基于 Python 3.5.4 的环境。在 Nipype 上，我找到了 FSL 的 BET 并遵循了代码：

请注意，我希望输出文件example_bet.nii由 fsl.BET 创建，而不是要被覆盖的图像。我只能找到基于 Unix 系统的解决方案，而且似乎需要在基于 Unix 的操作系统上安装 FSL，如果没有 Windows 中的虚拟机，这是不可能的。好吧，这是我得到的输出：

我需要切换到 Linux 还是有办法解决？

Having problem with slicing niimg from nibabel.get_data().

When this function of Nipype tutorial was used,

to run

Then the result turns out to be something like this;

我正在尝试为规范化/共同注册构建工作流程。这是我的 DataGrabber

当我只尝试一个主题时，一切运行都没有问题，如果有更多主题，我会收到以下错误。