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我正在尝试使用 nipype 包在 python 中进行一些注册。它适用于基本注册：

from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myInput.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'moved_subject.nii'
flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
res = flt.run()

这样就成功注册了。但是，我正在尝试使用输出的 flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat' 将此配准转换应用于与输入 MRI 相同空间中的非大脑图像。

我尝试了以下方法：

from nipype.interfaces import fsl
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myNonBrainImage.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'regNonBrain.nii'
flt.inputs.in_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
flt.inputs.apply_xfm = True
res = flt.run()

希望 flt.inputs.in_matrix_file 和 flt.inputs.apply_xfm = True 标志将覆盖标准注册并仅使用矩阵来注册附加图像，但我收到此错误：

INFO:interface:stderr 2011-08-10T14:59:17.307116:Unrecognised option D
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 775, in run
    runtime = self._run_interface(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1050, in _run_interface
    self.raise_exception(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1027, in raise_exception
    raise RuntimeError(message)
RuntimeError: Command:
flirt -in RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A.img -ref clo010809T1Gd.img -out regDose.nii -omat /root/Desktop/Test Data/RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A_flirt.mat -applyxfm -bins 640 -searchcost mutualinfo -init subject_to_template.mat
Standard output:

Standard error:
Unrecognised option D
Return code: 255
Interface FLIRT failed to run.

你知道为什么以及如何解决这个问题吗？

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目录/文件名中有一个空格，其中包含您的图像：

/root/桌面/测试数据

将测试数据重命名为 Test_Data 并且它将起作用

于 2011-08-20T14:57:45.403 回答