python - avscale（FSL 脚本）是否有任何 nipype 接口？

Question

我正在尝试使用 nipype 来分析由 FSL 创建的转换矩阵。FSL 有一个名为“avscale”的脚本，用于分析这些转换矩阵（*.mat 文件）。我想知道 nipype 是否有任何接口可以包装该脚本并使其能够处理其输出。

谢谢

Answer 1

根据文档和当前来源，答案是否定的。此外，avscale至少自去年 2 月以来，也没有在 nipy-devel 邮件列表中提及。Nipype 可能已经包装了其他东西（也许使用 matlab 包装器？）您可以尝试打开问题或询问邮件列表。

只要您尝试使用 Python（与 nipype 和所有），也许 nipype 项目的理念就是您应该为此使用 numpy/scipy？只是猜测，我不知道使用这些工具复制此输出的功能。也可能没有人可以添加它。

对于初学者， avscale 采用以下仿射矩阵：

1.00614 -8.39414e-06  0          -0.757356  
0        1.00511     -0.00317841 -0.412038  
0        0.0019063    1.00735    -0.953364  
0        0            0           1  

并产生这个或类似的输出：

Rotation & Translation Matrix:
1.000000 0.000000 0.000000 -0.757356 
0.000000 0.999998 -0.001897 -0.412038 
0.000000 0.001897 0.999998 -0.953364 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Scales (x,y,z) = 1.006140 1.005112 1.007354 

Skews (xy,xz,yz) = -0.000008 0.000000 -0.001259 

Average scaling = 1.0062

Determinant = 1.01872
Left-Right orientation: preserved

Forward half transform =
1.003065 -0.000004 -0.000000 -0.378099 
0.000000 1.002552 -0.001583 -0.206133 
0.000000 0.000951 1.003669 -0.475711 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Backward half transform =
0.996944 0.000004 0.000000 0.376944 
0.000000 0.997452 0.001575 0.206357 
0.000000 -0.000944 0.996343 0.473777 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000