python - 找不到 fsl.Merge() 命令（通过 nipype.interfaces 使用时）

Question

我已经安装了这些：

conda install -c conda-forge nipype
conda install -c conda-forge nitime
conda install -c conda-forge nibabel 
conda install -c conda-forge nilearn 

示例代码：

from nipype.interfaces import fsl
import os
import numpy as np
import nitime
from nitime.timeseries import TimeSeries
from nitime.analysis import CorrelationAnalyzer, CoherenceAnalyzer
from nitime.utils import percent_change
import nibabel as nib
import nilearn
from nilearn import datasets, input_data
from nilearn.connectome import ConnectivityMeasure


m = fsl.Merge()
m.inputs.in_files = volumes
...
m.run()

它给出了错误：

OSError：在主机上找不到命令“fslmerge”。请检查是否安装了相应的软件包。

你能帮我么？

Answer 1

我刚刚遇到了同样的问题，这让我困惑了一个多小时。我意识到 python 中的 fsl.Merge 命令只是围绕 fsl 命令：fslmerge。所以在执行你的python脚本之前需要加载最新版本的fsl。应该是一个简单的修复：

module purge ; module load anaconda/2.7-4.3.1 fsl/6.0.1
source ~/Settings/MyCondaEnv.sh
conda activate local

python ~FSLMERGE.py