我是否遗漏了什么或者这是 Gephi 脚本控制台中的一个奇怪的错误？

控制台显示边缘但没有节点

例如

您可以使用Gephi提供的数据集Power Grid.gml来复制错误。例如，我从这里对几个数据集进行了测试，得到了同样的错误。

难道我做错了什么 ？

我正在尝试绘制图表，但我无法理解如何通过 UI 设置节点大小。

我在这里看到了其他图表（http://dhs.stanford.edu/dh/gephi/dhstanford2.html）可以做到这一点。

我看不出这是怎么做到的。相比之下，在NodeXL中有一个名为Size的列，所以并不难。

我正在尝试做的是标签传播算法的可视化。我需要在一定时间内更改节点的标签，并根据该标签，节点需要采用该标签的颜色。

这里的技巧 Gephi 部分是如何从 gexf 文件动态更改标签，以便我可以设置 Gephi 以向不同的标签显示不同的颜色，或者我如何直接在文件上更改颜色（但根据时间戳，而不是以静态方式）。

我知道这个问题非常具体，但我之前在 SO 附近看到过一些 Gephi 用户。

谢谢！

我正在尝试导出带有一些可视化规范的图形文件。我不知道如何添加多级属性。

向节点添加属性

我想做的是添加位置但使用特定属性（名称和结构）

这不起作用

我实际上有两个问题：

1. 如何添加多级属性
2. 有没有办法在迭代中做到这一点（我仍然可以编写一个函数，但我想知道是否有一种我没有见过的从 networkx 做的方法）

对于信息：我真正追求的是一种将网络图导出到 gexf 文件的方法，我可以使用gexf-js打开该文件，而无需通过gephi。

PS：我有这个问题和其他与此相关的问题，但据我所知，他们并没有解决我所追求的问题。

我想在Gephi中可视化保存在 .mat 文件中的邻接矩阵。如何将保存在 .mat 文件中的邻接矩阵转换为 GML 文件？我无权访问 Matlab。

我有以下问题：我使用 R 通过导出为图形创建了 ~100 MB 文件（因此我可以在必要时重新导出）我需要在 gephi (0.8.2) 中打开它该文件包括 ~2.6k 节点， ~170k 边，每个节点都有几个属性。

我已将所有属性减少到只有必要的属性，但 Gephi 仍然无法打开。我正在运行一台具有 4 GB 内存的笔记本电脑（我已经关闭了所有不必要的东西）并且我有 Java 64 位。然而，我仍然遇到以下问题：

java.lang.RuntimeException：java.lang.IndexOutOfBoundsException：Index5，大小：5

我不认为这是我以前遇到的内存问题，即使在最有问题的地方，我仍然有足够的（至少约 600 MB）可用内存。配置文件设置为：Xmx2827m

该文件当前导出为 GML，但我可以使用igraph可以导出的任何格式。因此，任何允许我在 gephi 中打开文件（包括节点、边和属性）的解决方案都将受到欢迎。我选择 GML 是因为它似乎是支持属性的最小文件格式。

有任何想法吗？

非常感谢您的宝贵时间！

我正在尝试操作数据框。举个例子：假设我有一个包含客户和他们访问的商店的数据框：

总结这个数据框：

• 一位顾客 ( ) 在和b购物；XY
• 一位顾客 ( ) 在和b购物；YX
• 一位顾客 ( ) 在和c购物；XZ
• 一位顾客 ( c)Z在X

或者，更简洁地说：

我正在寻找一种能够进行转换的方法df -> relations。relations这背后的动机是我可以edges在write.gexf. 为任何帮助而欢呼。

我有一个无环图 - 一棵树。

图表的每个节点都有一些我需要在字形中显示的属性。

假设每个字形的大小为 100x100 像素。

我正在寻找一种对多达 100,000 个节点快速高效的算法，它将在 xy 空间中布置节点。

我已经开始使用 gephi 来帮助我显示数据集。数据集包含：

标签（特定图片的术语）作为节点

这些标签之间的归一化谷歌相似度距离作为具有权重的边（在 0 和 1 之间）

每个标签都与其他标签相连，只要它们都属于同一张图片。因此，每张图片我都有一组节点和边缘。

我现在已将此数据集导入到 gephi，格式如下：

节点： id，标签

边缘：目标、源、权重（介于 0 和 1 之间）

像 500 个节点和 6000 个边。

我现在的问题是，在导入所有这些节点和边之后，图形看起来有点乱，没有真正的顺序。每张图片的每个集群都混合到其他图片的其他集群中。现在使用模块化作为分区算法（应该使用 Louvain 方法），图形正在着色，每种颜色代表一张图片。现在我可以使用 Force Atlas 2 布局来拆分这个烂摊子了。

我现在有一个带有 15 个集群的彩色图表（每个集群代表 1 张图片）

现在我想根据它们的归一化谷歌距离（边缘的权重）使用标签（节点）再次对这些集群进行聚类，这些标签应该是在其含义上有点相等的标签。

我希望你们明白我想要完成什么。我也可以上传一张图片来澄清一下。

非常感谢

我有一个函数的结果，我想从 R 导出以在 Gephi 中可视化它。

结果是这样列出的 79.552 对

我不想导出这些对，所以我在 .csv 中有这样的对

我正在使用这样的write.table功能，kj.csv我的文件在哪里，kj是我保存的功能。

我的结果 .csv 文件中的示例如下所示（数字不同）

谁能帮我？