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Gephi 的 OpenOrd 布局插件提供了一种称为 OpenOrd 的布局算法。该布局似乎与其他布局算法的工作方式不同。唉，Javadocs 似乎不见了。这是使用 Gephi Toolkit 为 ForceAtlas2 布局完美工作的代码（在 Scala 中）：

...

所有其他布局同样适用于类似代码。这是我为 OpenOrd 获得的代码（在 Scala 中）：

它看起来一样，但 initAlgo 每次都会抛出 NullPointerException。有没有人让 OpenOrd 工作？如果是这样，我应该用哪三行替换它们？

我想使用 EGit将Gephi ToolKit克隆到 Eclipse。我遵循与我成功克隆的其他项目完全相同的步骤。[从 Git 导入 --> 项目 --> 克隆 URI 和我 c/p 克隆 url]。不幸的是，我收到 75 个错误，其中一些是：

ArtifactDescriptorException：无法读取 org.gephi:dynamic-impl:jar:0.9-SNAPSHOT 的工件描述符：UnresolvableModelException：无法在 http://bits.netbeans.org中找到 org.gephi:gephi-parent:pom:0.9-SNAPSHOT /maven2/已缓存在本地存储库中，直到 netbeans 的更新间隔已过或强制更新后才会重新尝试解析

ArtifactDescriptorException：无法读取 org.gephi:ranking-api:jar:0.9-SNAPSHOT 的工件描述符：UnresolvableModelException：无法在 http://bits.netbeans.org中找到 org.gephi:gephi-parent:pom:0.9-SNAPSHOT /maven2/已缓存在本地存储库中，直到 netbeans 的更新间隔已过或强制更新后才会重新尝试解析

缺少工件 org.netbeans.api:org-netbeans-modules-keyring:jar:RELEASE721

缺少工件 org.netbeans.modules:org-netbeans-modules-masterfs:jar:RELEASE721

src 文件夹似乎也不见了。

使用 R，我尝试计算大约 100 万个节点和超过 2000 万条边的介数中心性。为此，我有一台相当不错的机器，配备 128GB 内存和 4*2.40GHz CPU 和 64 位窗口。然而，使用 Igraph 的 betweeness() 需要很长时间。我想知道有什么快速的解决方案吗？如果我使用 Gephi 会更快吗？

您好，我有以下 Javascript 代码，我尝试将从 Neo4J 数据库获得的对象转换为一个不错的数组或 JSON（我将能够处理两者之一）以进一步与 Gephi / Sigma 一起使用。

但它不起作用...

知道为什么吗？

已经在 StackOverflow 和其他地方搜索过，但没有提供的解决方案对我有用，可能是因为它是我需要的多维数组，并且结构与对象略有不同（参见上面的代码）。

感谢您的帮助！

我有一个大型路由器网络，所有路由器都在社区网络中互连。我正在尝试查看可以分析此网络并获得有用见解的不同方法，以及仅通过分析图形（使用 gephi）就可以改进它的方法。所以我遇到了这个叫做“模块化”的度量，它被定义为：

衡量网络划分为模块（也称为组、集群或社区）的强度。高度模块化的网络在模块内的节点之间具有密集的连接，但在不同模块中的节点之间具有稀疏的连接。

我的问题是，我可以通过使用“模块化”度量从网络中学到什么？例如，当我在 gephi 中使用它时，网络是按段着色的，但它有什么帮助？

我（真的）是初学者。所以提前道歉。

我使用 Neo4j 插件构建了一个 Gephi (0.8.2) 数据库，并尝试在我的 Neo4j 2.0.1 中打开并收到以下消息：

启动 Neo4j 服务器失败：由于预检任务导致启动失败 [class org.neo4j.server.preflight.PerformUpgradeIfNecessary]：无法使用旧数据存储版本启动 Neo4j。要启用自动升级，请设置配置参数“allow_store_upgrade=true”

这是版本之间的不兼容问题吗？

拥有以下版本的软件：

Neo4J 社区：2.0.1

Gephi：0.8.2-beta

Neo4J 图形数据库支持插件：适用于 Gephi 0.8.2

我正在使用 Neo4j 2.0.1 附带的 default.graphdb（昨天开始使用 Neo4j）

在使用 Neo4J 插件从 Gephi 进行完全导入时，我收到此错误：

现在，我找到了 neo4j.properties 并取消了“allow_store_upgrade=true”部分的注释，但没有任何改变。我仍然得到同样的错误。我什至不确定它是否会尝试加载该 neo4j.properties 文件，因为如果我重命名该文件，我仍然会得到确切的错误（我 100% 确定路径是正确的）。

我想在图形应用程序中可视化 Neo4j 数据库。（我这样做主要是作为学习练习）。

我希望它的行为与 Neo4j 的 WebAdmin 中的可视化几乎相同：当图形出现时，我希望看到节点在它们到达最终位置时四处移动，并且我希望用户能够单击并拖动节点图标屏幕并让它们粘在它们掉落的地方，图表的其余部分会调整以适应变化。

我有两个问题。

• 上面段落中粗略描述的三个要求的技术术语是什么？
• 我是一名没有 JavaScript 经验的 Java 程序员，但我认为，通过这个项目，是时候获得一些东西了——sigma.js特别是看起来非常强大且相对简单。然而，最终这需要在 Java Swing 应用程序中完成，虽然我知道可以使用各种容器将 JS/HTML 内容嵌入到 Swing 中，但似乎纯 Java 解决方案仍然是理想的，我对任何可能使这成为可能的框架感到好奇。我现在正在研究 Gephi，但它似乎没有 sigma.js 强大或简单易用。我在这个假设上错了吗？
• 总结第二个问题：哪个会是我更好的时间投资：学习sigma.js和各种 JS 框架（这需要我熟悉 JS），还是学习在 Java 中使用 Gephi？（假设我对图形可视化有普遍和长期的兴趣）

你好，我想问一些使用算法 A* 查找路径的 javascript 代码。路径将具有source nodeand target node，这是示例代码

问题是我正在使用position.push它，它是数组，但我无法实现指针，如果它在找到目标节点的路径时移动下一个或移动上一个。谢谢

我对 R 包有疑问"rgexf"。特别是，我导入到 Gephi 的网络边缘存在问题。在 RI 中可以产生一个顶点数据库

和一个边缘数据库（准确地说是单个边缘）

我使用创建一个 .gexf 文件

wherepath_gexf只是输出文件的路径（称为 example.gexf）。
我使用 Gephi（版本 0.8.2 beta）打开 example.gexf。在图 1 中：

在Gephi中可以看到导入报告：顶点数和边数正确；我手动将图形类型更改为无向，并将所有数据导入数据实验室窗口。

1. 问题 1。如果我已经在 write.gexf 函数中指定了“未定向”，为什么还要在导入报告窗口中指定？

在图2

您可以看到，导入后，图形类型自动切换为“有向”，实际上没有导入任何边。

在图 3

我们有顶点列表：一切都很好。标签和 ID 已正确导入。在图 4

您可以看到边缘的数据实验室窗口：没有导入边缘，如图 2 中已经指出的那样。我真的不明白为什么没有导入边缘。

2. 问题2、如何更正example.gexf文件的导入？在 R 代码级别，一切都很顺利，我的代码正确生成了顶点/边。Gephi 出现问题。

备注：我有很多 .gexf 文件存在边导入问题；在许多情况下，只有少数边被导入不正确的“源”和“目标”。奇怪的是，平行边总是根据它们的多重性正确计算。

我为长篇大论道歉。

编辑：一些使用虚拟 R 代码的测试

我使用@James Tobin 的代码做了一些测试（谢谢！）。它在我的电脑上也可以正常工作。我对带有 2 条边的图进行了测试：测试一切正常。然后我转移到 3,4 边缘案例，使用

和

在这两种情况下，XLM 代码在节点和边 ID、标签、源和目标方面都是正确的。

问题出在哪里？在 3 个边缘情况下，Gephi 中的导入报告是正确的，而数据实验室边缘窗口不显示边缘

在 4 个边缘情况下，边缘

而是失踪了。

我开始相信 Gephi 0.8.2 中存在错误，而不是我的代码中。

有什么建议/意见吗？