我对 R 包有疑问"rgexf"。特别是，我导入到 Gephi 的网络边缘存在问题。在 RI 中可以产生一个顶点数据库
>vertices
Id Label
1 1 1
2 2 2
3 3 3
4 4 4
5 5 5
6 6 6
7 7 7
8 8 8
9 9 9
10 10 10
和一个边缘数据库（准确地说是单个边缘）
>edges
Source Target
1 5 9
我使用创建一个 .gexf 文件
>write.gexf(output = path_gexf, nodes = vertices, edges = edges, defaultedgetype = "undirected")
wherepath_gexf只是输出文件的路径（称为 example.gexf）。
我使用 Gephi（版本 0.8.2 beta）打开 example.gexf。在图 1 中：
在Gephi中可以看到导入报告：顶点数和边数正确；我手动将图形类型更改为无向，并将所有数据导入数据实验室窗口。
- 问题 1。如果我已经在 write.gexf 函数中指定了“未定向”，为什么还要在导入报告窗口中指定？
在图2
您可以看到，导入后，图形类型自动切换为“有向”，实际上没有导入任何边。
在图 3
我们有顶点列表：一切都很好。标签和 ID 已正确导入。在图 4
您可以看到边缘的数据实验室窗口：没有导入边缘，如图 2 中已经指出的那样。我真的不明白为什么没有导入边缘。
- 问题2、如何更正example.gexf文件的导入？在 R 代码级别，一切都很顺利，我的代码正确生成了顶点/边。Gephi 出现问题。
备注：我有很多 .gexf 文件存在边导入问题；在许多情况下，只有少数边被导入不正确的“源”和“目标”。奇怪的是，平行边总是根据它们的多重性正确计算。
我为长篇大论道歉。
编辑：一些使用虚拟 R 代码的测试
我使用@James Tobin 的代码做了一些测试（谢谢！）。它在我的电脑上也可以正常工作。我对带有 2 条边的图进行了测试：测试一切正常。然后我转移到 3,4 边缘案例，使用
require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,2),c(1,1,3)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
defaultedgetype = "undirected")
和
require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,4,2),c(2,3,1,2)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
defaultedgetype = "undirected")
在这两种情况下，XLM 代码在节点和边 ID、标签、源和目标方面都是正确的。
问题出在哪里？在 3 个边缘情况下，Gephi 中的导入报告是正确的，而数据实验室边缘窗口不显示边缘
<edge id="1" source="1" target="1" weight="1.0"/>
在 4 个边缘情况下，边缘
<edge id="0" source="5" target="2" weight="1.0"/>
而是失踪了。
我开始相信 Gephi 0.8.2 中存在错误，而不是我的代码中。
有什么建议/意见吗？
