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我是否遗漏了什么或者这是 Gephi 脚本控制台中的一个奇怪的错误？

控制台显示边缘但没有节点

例如

>>> len(g.edges)
4314
>>> len(g.nodes)
1

>>> g.edges
set([e8926, e8794, e7024 ......])
>>> g.nodes
set([None])

您可以使用Gephi提供的数据集Power Grid.gml来复制错误。例如，我从这里对几个数据集进行了测试，得到了同样的错误。

难道我做错了什么 ？

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3 回答 3

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有一个名为“Data Table”的插件，当你安装它时，你可以看到你的数据集的结构。我有一个完全一样的问题，我理解节点 id 是一个字符串而不是一个数字。如果您想查看脚本插件在控制台脚本插件中执行 g.nodes() 命令的区别，您可以看到（从“数据表”插件中）新创建的节点的 id 是数字而不是字符串。当你在 Gephi 控制台中执行 g.nodes 或 len(g.nodes) 时，你可以看到新创建的节点。我用这种方式解决它：我安装了一个名为“数据表”的插件，在“导出表”中，选择它，它告诉你需要导出哪些列，你选择任何你想要的但不是Id，然后选择一个分隔符然后按确定它会保存它。创建一个新项目，打开“数据表”插件，然后单击“

于 2013-04-05T06:40:33.240 回答
1

现在，在最初的问题两年后，错误仍然存​​在于 Gephi 的 Jython 控制台中的位置：

>>> g.nodes
set([None])

但是，我找到了一种解决方法，可以像这样通过脚本控制台直接操作节点：

>>> graph = g.getUnderlyingGraph()
>>> nodes = [node for node in graph.nodes]
>>> nodes
[n0, n1, n2, n3, n4, n5, n6, n7, ...

通过这样做，我能够像这样操作节点属性：

>>> node = nodes[0]
>>> attr = node.attributes
>>> value = attr.getValue('attribute_name')
>>> new_value = do_something(value)
>>> attr.setValue('attribute_name', new_value)
于 2015-04-09T12:52:16.200 回答
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这是我在 python 中编写的一个脚本，如果您在完成 user1290329 在这里所做的操作后无法将边缘恢复原位 [ https://stackoverflow.com/a/15827459/1645451]

这基本上会将您的新 gephi 创建的整数 Id 列映射到边缘表。

    import pandas as pd

    # Once you have re-imported your CSV, and your ID is an Int, 
    # but your edge table is still messed up
    nodes = pd.read_csv('nodes_table.csv')
    edges = pd.read_csv('edges_table.csv')

    # delete any unnecessary cols
    del edges['Label']


    # Create a dictionary with your Node name as the key, 
    # and its Gephi int Id as the value
    # To do this Set index to be col you want the dict keys to be
    # and the dict values will be col you specifiy in the brackets after 'ie ['Id']
    node_dict = nodes.set_index('Label')['Id'].to_dict()

    # Then use the map function, col you are mapping with should have they keys
    # And will fill with value of key when matched
    # In this case we just over-write the Source and Target cols
    edges['Source'] = edges['Source'].map(node_dict)
    edges['Target'] = edges['Target'].map(node_dict)

    edges.to_csv('edges_formatted_for_gephi.csv', index=False)
    edges.head()

现在在 gephi 数据实验室中，导入电子表格，确保选择边缘选项，然后单击选择“edges_formatted_for_gephi.csv”，取消选中创建缺失节点，您的边缘应该回到您的 gephi 图中。:)

于 2014-10-18T20:34:35.083 回答