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我有一些基因组位置，我想使用 biomaRt R 包基于 Ensembl 注释这些位置（查找 Ensembl 基因 ID、外显子、内含子等特征）。

我的部分数据

我正在尝试使用 cummeRbund 包绘制感兴趣的基因。使用此脚本：

我遇到了这个错误：

使用useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")也无济于事。你能告诉我如何解决这个问题吗？

这里是sessionInfo()

我正在使用以下代码从 Entrez ID 中检索基因符号：

但我收到以下错误：

我有一个基因列表，它们的 P 值和倍数变化值作为矩阵。

我想将它们转换为 Ensembl 基因 ID 和 uniprot_swissprot。我尝试使用以下代码，但每次都出错：

getBM 中的错误（属性 = 属性，过滤器 =“hugene10stv1”，值 = 基因，：值参数不包含数据。

我试图使用这个command

但我也有错误

getBM 错误（属性 = 属性，过滤器 =“hugene10stv1”，值 = rma_final$Entrez_IDs，：无效过滤器：hugene10stv1

任何帮助将不胜感激

我有一个很长的基因数据框和各种形式的 id（例如 OMIM、Ensembl、Genatlas）。我想获取与每个基因相关的所有 SNP 的列表。（这是这个问题的反面。）

到目前为止，我发现的最佳解决方案是使用biomaRt包 (bioconductor)。有一个我需要在这里进行的查找的示例。适合我的目的，这是我的代码：

这会输出一个像这样开头的数据帧：

（4612 行）

代码有效，但运行时间极长。对于上述情况，大约需要 45 秒。我想这可能与等位基因频率有关，服务器可能会即时计算。但是仅查找 SNP rs id 的最低限度需要大约 25 秒。我有几千个基因，所以这需要一整天（假设没有超时或其他错误）。这不可能。我的互联网连接并不慢（20-30 mbit）。

我尝试在每个查询中查找更多基因。这确实有帮助。一次查找 10 个基因的速度大约是查找单个基因的 10 倍。

获得与基因 ID 载体相关的 SNP 载体的最佳方法是什么？

如果我可以只下载两张表，一张带有基因及其位置，一张带有 SNP 及其位置，那么我可以使用dplyr（或者也许data.table）轻松解决这个问题。我一直找不到这样的表。

如果该数据框中的相邻行匹配，我试图用另一个数据框中的值替换该数据框的列名。

在上面提供的示例中，我想将 df2 中的列名替换为df1$ensembl_gene_id.

nrow(df1)大于ncol(df2)并且有不匹配的值，所以我不能简单地替换colnames(df1)为df1$ensembl_gene_id

这可能是一个相对简单的数据争论问题，但我似乎无法弄清楚。任何帮助，将不胜感激。

我有一个表达式集矩阵，其中行名是我认为是格式的 GENCODE ID，例如“ENSG00000000003.14”“ENSG00000000457.13”“ENSG00000000005.5”等等。我想将这些转换为gene_symbol，但我不确定最好的方法，特别是因为我认为是“.14”或“.13”版本。我是否应该首先修剪点后的所有 ID，然后使用 biomaRt 进行转换？如果是这样，最有效的方法是什么？有没有更好的方法来获取gene_symbol？

非常感谢你的帮助

我不是 R 方面的专家，但我正在尝试学习如何使用 biomaRt 包来查找位于我感兴趣的区域的基因。

我已经设法使用带有以下代码的 ensembl 数据集生成有效的输出：

我知道“entrezgene”对应于 NCBI 基因 ID，但我想从 NCBI 获得基因名称。

有没有办法使用连接到 NCBI 数据库的 biomaRt 并检索该信息？

提前谢谢你。

我想从基因符号（例如：TTN）和基因 ID（例如：ENSG00000155657）中获取人类基因组的基因位置。我想用biomaRtR 包来做。我该怎么做？

我试图检索有关 SNP 位置的信息。我尝试按照本网站的答案说明进行操作，但该命令不再起作用：

等待很长时间后出现以下错误：

自上一个版本以来，biomaRt 命令有什么变化吗？还是我做错了什么？